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有些病毒的基因组是线性DNA，在原核细胞和真核细胞中复制时不需要RNA引物。目前了解最清楚是的腺病毒DNA和枯草菌噬菌体φ29DNA的复制。尽管在表面上腺病毒DNA和φ29DNA与T7DNA相似，但是它们的复制不是从DNA内部开始的，而是从DNA的一端开始，而且对两端无选择性，各占50%的机率。尽管腺病毒DNA和φ29DNA两端也具有重复序列，但是方向相反。因此，在DNA复制过程中不能通过象T7DNA那样的连环体（conctemer）来完成其末端的复制。
在这些DNA复制时，从一端开始，只能利用一条DNA链作为模板，即以3'→5'链为模板。这样，新合成的DNA链便将原来的亲代DNA链取代子链。原来的亲代DNA链（从合成起始端看是5'→3'链）作为单链从双螺旋中释放出来。这条链自身的5'和3'可以互补配对，然后在3'端开始以此链为模板重新合成另一条子链。这样，DNA复制即完成。产生两个与亲代DNA完成一样的子代DNA。
前已述及，DNA聚合酶不能从头开始合成DNA链，需要有引物才能聚合核苷酸生成DNA链。那么，腺病毒和φ29DNA等没有RNA引物是怎样启动其DNA复制的呢?研究发现，所有的腺病毒DNA生长链上都有一个特异的蛋白质分子附着在其5'末端的胞嘧啶核苷酸上。在DNA复制开始之前，该末端蛋白质通过共价键与dCMP的5'磷酸基相连。胞嘧啶通过碱基配对与腺病毒DNA模板3'末端的鸟嘌呤核苷酸配对结合，然后由病毒本身编码的DNA聚合酶以此末端蛋白-dCMP复合物为引物连续合成腺病毒整个基因组的36000个核苷酸，在DNA复制过程中，由于DNA链被置换而产生了扭曲张力（torsional strain），但细胞内拓扑异构酶Ⅰ可以消除张力。病毒自身编码的72KD的单链结合蛋白可能也同时具有螺旋酶的功能促进DNA双链的解开。