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一、确定正常参考值及判断检测结果的问题
无论是可以进行肿瘤标志测定的进口酶免疫系统（包括试剂），还是进口试剂盒，均提供了肿瘤标志“正常参考值”。值得注意的是，世界各地将近10至20 年延用相同的“正常参考值”，肯定有不妥之处是不言而喻的。很多肿瘤临床工作者早已发现，实验室提供的“正常参考值”与临床所见相差甚远。其中因素很多，但是，应予注意的是，某一肿瘤标志“正常参考值”的设定，应根据不同地区足够数量健康人及肿瘤患者两种人群中的实测值结果。这的确是临床实际所需要的、应引起政府有关管理部门重视的工作，即凡进口仪器、试剂均应具备所接受地区的正常参考值。具体到任何一个实验室，要检查与建立本地区每个肿瘤标志的正常参考值，并非易事。因此，在分析检测结果时，意识中应将仪器或试剂公司提供的“正常参考值”仅仅作为参考。重要的是，比较被检者在观察期中不同时间、或经临床治疗前后有关肿瘤标志水平的变化，无论其趋势是升高或降低均具有判断意义。
二、肿瘤标志在肿瘤临床诊治中的作用问题
当前，实验室所开展的绝大多数血清肿瘤标志检测项目，除甲胎蛋白（AFP）及前列腺特异抗原（PSA）外，均不适用于肿瘤的初筛及大规模人群普查。就是AFP或PSA也并非只对原发性肝癌或前列腺癌特异。因为，卵巢癌等患者血清中AFP水平也升高，慢性肝炎及肝硬化患者血清中AFP经常在中等水平；而PSA存在于前列腺腺泡及导管上皮细胞胞浆中，不表达于其他组织细胞，但亦并不是只在前列腺癌发生才出现，当前列腺增生时，PSA水平也会上升。只是在前列腺癌患者中94% PSA结合于α1-抗凝乳蛋白酶，而前列腺增生患者仅78% PSA处于结合状态。因此，肿瘤标志最主要的用途在于通过测定其存在或含量，辅助监测疗效、复发或转移。在恶性肿瘤呈上升趋势的今天，迫切需要的是简便、廉价、适用于大规模人群普查的肿瘤标志。最近，一些肿瘤研究者重新注意到，经过银染及计算机图像处理系统，人外周血T淋巴细胞核仁形成区酸性非组蛋白与核面积比，在健康人、非癌患者及癌症患者中的差异有显著性意义；进一步观察此指标在肿瘤患者治疗前后的变化与临床表现是一致的。由此以为，此项检查可作为辅助肿瘤初筛、普查、监测疗效及复发的肿瘤标志。实际上，T淋巴细胞核仁酸性非组蛋白的变化可直接反映其rDNA转录活性的变化。所以，这的确是一个有希望作为筛查肿瘤的标志。再有，在肿瘤研究深入进展中，人们对肿瘤基因水平诊断产生了极大的关注。目前，有较好临床指导苗头的肿瘤基因诊断热点是：肿瘤端粒酶的测定、erb-2基因在乳腺癌中扩增的检测、微卫星DNA变异检测对肿瘤转移、复发的监测，以及肿瘤耐药基因表达的检测等。但是，至今还未得到临床确诊可依靠的肿瘤基因标志。
三、提高肿瘤标志检测效率的问题
由于血清肿瘤标志的敏感性与特异性均有限，当从有关的多种肿瘤标志中选择对于某种肿瘤最理想的标志时，应利用接受器工作性能曲线(ROC)，即将敏感性设在纵轴、特异性设在横轴，得出此曲线。若该曲线越接近左上角，表示其分辨恶性疾患与良性疾患的能力越大。同时，为了提高检出的敏感性，常常将几种肿瘤标志组合，进行联合测定，只要组合中出现一种肿瘤标志阳性，即可判断为阳性。但是，当敏感性提高的同时，往往出现特异性下降，所以，需要计算敏感性及特异性均包括在内的有效性，有效性=(真阳性数+真阴性数)/总测定数×100%。比较针对某一肿瘤的肿瘤标志不同组合的有效性，可选择出肿瘤标志的最佳组合。
四、肿瘤标志检测的质量控制问题
与各种检测项目相同，肿瘤标志的检测也要重视室内质控、室间质评及质量保证，使实验室内每天及每次测定结果均能达到准确无误。要做到这点，除自上而下加强管理，如检测仪器的日常维护、校准；实验条件及流程的规范等以外，具体到实验操作人员在进行酶免疫测定或放免测定时，不容忽视的是每次测定中每块反应板均应设阴、阳性对照及不同浓度的标准品的测定，并画出标准曲线。因为，手工操作时，就是同一时间内不同反应板的实验条件，如孵育时间、温度及洗涤力度等亦很难达到均一化，阴、阳性对照及标准品存在，使不同时间、或同一时间所进行的不同反应板之间的结果具有可比性。
在合理应用现有肿瘤标志，不断解决克服有关问题的同时，我们期盼着，能尽早获得可在早期诊断肿瘤原发灶、及时发现微转移灶、有助于拟定治疗方案及准确判断预后等方面有所作用的肿瘤标志。