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2002年末～2003年6月，严重急性呼吸综合征（SARS）在我国及世界上许多国家扩散，国内外科学家倾入极大的热情探索其病原学，最终发现SARS是由一种新型冠状病毒引起的，其发现过程曲折而迅速，有必要作一哲学思考。
1 SARS病原学的探索过程
1.1 衣原体假说 ［1］ 2003年1月，中国疾病控制中心接到广东的疫情报告，派出专家组，会同当地专家赴现场考察疫情。专家们发现这是一种与以往非典型肺炎不同的烈性传染病，其传染性强，病情严重，专家们取得病人血清标本进行了系列试验。至2月份，细菌（尤其是鼠疫杆菌、炭疽杆菌、军团菌）、钩端螺旋体、支原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、流行性出血热病毒、麻疹病毒等病原体被一一排除。2月9日，专家们取得了2份病人的肺组织标本。2月15日，中国疾病控制中心病毒学研究员、中国工程院院士洪涛及助手对肺组织标本进行电镜观察，在100多张电镜照片中发现大量衣原体样颗粒。之后，专家们将应用免疫学方法，排除了已知的肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体等，表明病人肺组织中衣原体样颗粒不同于已知的衣原体，可能是一种新的衣原体样因子。2月18日向社会公布了这一发现。当时洪涛院士曾要求媒体公布时要“留有20%的余地”，但媒体却迅速报道:“非典型肺炎的病原体基本可确定为衣原体”。3月1～3日，专家们对这两例病人的尸解肺、肾、心、肝、脾组织电镜观察，再次见到衣原体样颗粒及其包涵体，未见其他病原体。3月4日，用病人尸解组织标本与6份患者恢复期血清进行免疫荧光检测，5份血清标本阳性，说明恢复期血清中存在特异性抗体。3月中旬，专家们在来自不同地区的7例尸解标本中，均发现了衣原体样颗粒，在组织培养细胞中观察到同样的结果。以后在3例病人标本中，再次电镜观察时，又在同一视野中见到衣原体颗粒与冠状病毒颗粒。在防治SARS工作第一线的广州医学院第一附属医院钟南山院士等医师，认为衣原体肺炎一般呈散发性，流行的可能性不大，病情不重，死亡率低，并且在应用红霉素等大环内酯类抗生素后即见特效，而SARS病人病情严重，死亡率高，应用抗生素无效，不符合衣原体肺炎的临床特征。钟南山院士认为病原体是一种未知的特殊病毒。3月24日，中国请求WHO专家组协助调查确定衣原体是否是SARS病原体，在WHO实验室网络的世界其他地区11个实验室均报告衣原体阴性。
1.2 副粘液病毒等假说 3月18日，香港科研人员在2例SARS病人标本中发现副粘液病毒颗粒，德国医师在1例SARS病人血标本中也发现副粘液病毒。法国里昂大学医疗中心病毒实验室负责人布律诺·利纳认为，副粘液病毒是导致SARS的原因之一。3月9日，德国对法兰克福的首例SARS病人咽拭子与痰标本中用电镜观察到副粘液病毒颗粒，但用针对副粘液病毒科中的多种病毒的PCR检测均为阴性。3月21日，加拿大科研人员在8例SARS病人中的6例标本中发现人类偏肺病毒（metapneumovirus）。
1.3 新型冠状病毒的结论 ［2］ 3月17日，世界卫生组织（WHO）负责SARS研究的首席科学家、德国病毒学家克劳斯·施托尔（Klaus Stohr）组建全球10个国家和地区参加的WHO的SARS项目实验室网络，其中包括中国内地、中国香港、中国台湾、新加坡、日本、美国、英国、法国、德国、加拿大、荷兰的共13个实验室。从3月17日开始，克劳斯·施托尔每天通过远程电信会议联系每一个实验室，互相通报实验结果、信息如基因序列、照片等，实现资源共享。3月18日，在德国法兰克福的首例SARS病人痰液感染的Vero细胞中发现了冠状病毒。3月21日，香港大学也在SARS病人标本中分离出新型冠状病毒。同一天，中国军事医学科学院微生物流行病研究所专家从SARS病人组织标本中分离出新型冠状病毒，对42例病人的血标本进行检测，40例为新型冠状病毒阳性，而30名正常人的血标本为阴性。以后在许多实验室均报告发现了新型冠状病毒。4月12日，加拿大全国疾病控制微生物研究室首次宣布破译了新型冠状病毒株的基因序列，该病毒基因有29736个碱基，与任何已知的人类和动物的病毒基因均不同。4月14日，美国疾病控制与预防中心宣布破译了新型冠状病毒株的基因序列，有29727个碱基，与加拿大报告的基本相同。4月15日，中国军事医学科学院微生物流行病研究所与中国科学院合作，完成了4个新型冠状病毒株的基因测序，有3万个碱基，与加拿大、美国报告的序列基本一致。4月16日，香港大学与香港中文大学也完成了新型冠状病毒株的基因测序。4月16日，来自13个实验室的科学家在日内瓦举行SARS会议，一致认定SARS是由一种以往从未在人类身上发现过的新型冠状病毒所致，WHO负责传染病的执行干事 戴维·海曼在该日宣布，新型冠状病毒为SARS的病原体，该病毒被命名为SARS相关冠状病毒（SARS-associated coronavirus，SARS-CoV）。确定一种微生物引起某种疾病，必须满足科赫4要点:①必须在该疾病的每个病人体内发现这种微生物;②它必须能从宿主中分离出来，并能在纯培养物内生长发育;③将它接种于易感动物必须能再产生此病;④从致病的实验动物中必须分离出同样的微生物。由荷兰鹿特丹Erasmus医学中心证实了SARS病毒作为SARS的病原体所满足科赫4要点。4月至5月，在新英格兰医学杂志（N Engl J Med）、柳叶刀（Lancet）杂志、美国的科学（Sciˉence）杂志上发表了有关SARS病毒及其基因序列的论文，其中加拿大一篇，美国疾病控制与预防中心一篇，香港研究人员一篇，德国和美国一篇，克劳斯·施托尔一篇、加拿大与美国一篇。
1.4 追踪SARS病毒的来源 ［3］ 我国第1例SARS病人是一厨师。WHO专家组对最初900个SARS病人的职业分析中发现，食品商贩、厨师占5%，高于普通肺炎中这些职业的1%比例。这些均提示SARS病毒来源于动物食品。加拿大研究人员排除了SARS病毒来源于猪与鸡的可能性，深圳市疾病控制中心等与香港大学合作，筛查了多种动物种属的冠状病毒，如猫、蛇、犬、乌龟、青蛙、老鼠等，最后重点分析哺乳动物果子狸、猪獾、黄鲸、鼠獾、貉、海狸鼠、猫、兔这8个动物的25个标本，从6只果子狸标本中分离出的冠状病毒的基因与人类SARS病毒基因有99%以上的同源性。对其他动物的冠状病毒S基因测序也发现，动物的冠状病毒与SARS病毒均有11个氨基酸变异点，电镜与血清学分析表明，动物的冠状病毒与SARS病毒有一定抗原相关性。动物的冠状病毒基因比SARS病毒基因多29个核苷酸，而这29个核苷酸只在广东早期一名SARS病人身上的冠状病毒中发现过，在其他病人中再未发现，说明动物的冠状病毒感染人后发生了变异。我国农业部冠状病毒疫源调查组报告，在采集的59种动物的1700份标本中，在果子狸、蝙蝠、蛇、猴等数种动物的冠状病毒基因与SARS病毒基因完全一致。由此推测，SARS病毒极有可能来源于果子狸等野生动物。
2 SARS病原学的探索的思考
2.1 必然性与偶然性 在人们探索事物的发展过程中，必须区别两种不同的因素，一种是事物发展的总方向，另一种是构成过程的单个具体事件，这些事件可以发生，也可以不发生。前者是必然性，后者是偶然性。必然性是由事物内部的根本矛盾决定的，而偶然性是由事物内部非根本矛盾以及其他过程的影响决定的。在寻找SARS病原体的过程中，依据在两份病人的肺组织标本中观察到衣原体样颗粒，在5份病人血清标本中衣原体样颗粒的抗体阳性，不能认为衣原体样颗粒与SARS有因果关系。国内调查显示，成人肺炎衣原体抗体阳性率43.7%，妇女的沙眼衣原体感染率52%，鹦鹉热衣原体在动物接触者中感染率较高，此外，尚有牛脑脊髓炎衣原体、豚鼠结膜炎衣原体、猫肺炎衣原体、羊牛流产衣原体、鸟疫衣原体、鼠肺炎衣原体等，也许有来源于动物的新衣原体感染人类。因此，正常人感染衣原体或血清中有衣原体抗体是常见的。仅对几个病人标本进行研究，并且未作正常人血清标本中衣原体样颗粒的抗体的对照，不能认为衣原体为SARS病原体。所以，在SARS病人中发现衣原体样颗粒，仅是一种偶然性，不具有必然性。新型冠状病毒及其抗体在大量SARS病人中均存在，而在正常人中不存在，故具备了成为SARS病原体的必然性。如前所述，国内早期的3例病人标本中有冠状病毒颗粒，如当时不将其视为偶然性，扩大病例来源，在更多的标本中发现并及时报道，则可成为首次冠状病毒的发现者。
2.2 认识与实践 认识依赖于实践，实践是检验认识正确与否的唯一标准。实践对于一个认识的证明，往往不是一帆风顺的，而是需要一个过程。一个正确的认识，往往需要由实践到认识，再由认识到实践，经过多次反复，才能够完成。在SARS开始流行时，钟南山院士根据疾病的临床特征，认为是由一种未知的新病毒引起的。然而，这一从实践得出的观点未能进一步转化为追踪病毒的统一认识。衣原体引起的肺炎一般呈散发性，流行的可能性少，大多病情轻，死亡率低，并且在应用红霉素等大环内酯类抗生素后即可特效，而SARS病人病情严重，死亡率高，应用抗生素无效。如将衣原体作为SARS病原体，经不起临床实践的检验，说明这一认识是不客观的。在临床上，确定一种微生物作为新传染病的病原体，一般应具备以下4点:①该微生物引起的临床表现要符合新传染病的特征;②该微生物引起疾病的流行病学表现要符合新传染病的特征;③新传染病的病人在恢复期的血清特异性抗体比急性期升高4倍以上;④如前所述的科赫4要点。新型冠状病毒符合上述条件，经得起临床实践的检验，故为SARS的病原体。
2.3 归纳与演绎 归纳-演绎法是认识的逻辑方法之一。客观世界存在因果规律，客观事物存在着本质与现象、一般与个别的辩证关系。本质要通过现象表现出来，一般事件要通过个别事件表现出来，通过对现象与个别事件的归纳，捕捉事物的本质。