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2008年2月4日，卫生部部长陈竺一行到药物所视察指导工作。会上，药物所王晓良所长站在医科院药物研究单位的角度，以药物所的发展为重点，向卫生部领导介绍医科院药物所等药物研究机构50年来的研究成果和创制新药的能力以及药物研究科学价值观的文化理念。
王晓良所长在汇报中从药物所新药研究的主要方向、科研队伍、五十年来的主要科研成果以及承担“十一五”药物重大专项的能力等方面进行了重点阐述。药物所作为国家级研究机构，不仅是从事药物研究的重要机构，也同时从事药物基础研究，在药物研究领域做出了突出的成就。先后研究出654-2、联苯双酯、百赛诺、紫素、葛根素、人工麝香等122个新药，均已产生令人瞩目的社会效益和经济效益。目前还有12个创新药物处于新药临床前研究、临床研究的不同阶段。通过新药创制研究，药物所锻炼出一支创新思维活跃、朝气蓬勃的高水平的新药研究队伍。
王晓良所长在汇报中提出，药物研究所为实现创制更多新药的目标，将在“十一五”重大专项的支持下，与医科院及相关药物研究机构共同筹建药物创制战略新体系。药物所创制新药的发展历程主要得益于产学研一体化的药物研究格局。从前期的药物基础研究到化药、中药和生物药，以及药用资源的临床前研究，到药物的临床研究，直至产业化的出口——企业，通过院校联合，促使医科院药学相关研究进行整合、互补，形成产学研结合的研发体系，建成国家药物研究院。从药物研发技术、人才上讲药物所已具备承担新药创制重大专项的能力。但制约药物所继续发展的主要是空间问题，药物所为此已进行积极的准备工作。
陈竺部长充分肯定了药物所关于药物研究的文化理念和药学发展的汇报，以及药物所在国家战略层面上阐述的药物所自身发展、医科院的发展和国家药物发展相联系的全局观念。药物所作为五十年的老所，业已形成非常好的科学基础和创新文化基础，不单单是“paper”文化，而是造福社会的全面的科学价值观的文化。药物所作为国家队，从科技大事开展规划，体现了卫生科技的作用，具有前瞻性。医科院成立药物创制战略新体系具有独特的优势。同时，陈竺部长还赞扬了药物所在解决空间问题方面所做的努力，没有采用“等、靠、要”的方式，而是积极面对困难，鼓励药物所结合国家药学发展加快基础条件建设。
陈竺部长在视察药物所的同时，肯定了医科院药学研究的发展规划。强调医科院的药物研究不同于卫生部系统外的药物研发单位，从药物基础研究到临床前研究、临床研究，一方面与基础研究紧密结合，另一方面以临床需求为目标，在整体上具有与众不同的特点。而且药物研究多年来一直以天然产物为基础，针对我国生物多样性等方面开展研究，已有多年的积累，在药物创新价值链上形成完整的链条。另外，药物所产、学、研结合综合优势的发挥对引领国家医药发展具有举足轻重的作用，是中国医药发展的重中之重，发挥了国家队的重要作用。不仅展现了药物所从事创新药物研究的实力和能力，也体现了药物所的大局观。
此外，陈竺部长在赞扬药物所对国家药学发展的全局观的同时，也为药物所以及医科院的学科发展、整体规划、团结合作等方面提出明确要求。主要希望药物所加强药物创新中一些关键的薄弱的环节的建设。一是动物实验研究是发现药物和研究药物的重要一环，抓住我们的优势，从分子水平上，乃至动物整体水平上开展细致的研究。化合物是药物研究的源头，应当继续加强化合物库的建立，并结合定向组合化学等研究方法扩展新化合物结构的研究，同时要加强药物筛选体系建设，从分子和细胞水平进行高通量筛选，重视“me-too”、“me-better”药物的研究，加强药物筛选平台建立，加快国内创新药物开发的进程。利用药物所产、学、研格局的优势，与基础、开发、临床、产业紧密联合，尤其是在“Ｏ期临床”、“II期临床”、“III期临床”方面有的放矢开展研究。从而建立中国最强大的药物研究平台，并成为真正的国家药物研究院。
陈竺部长说国家有必要建立国家药物研究院，它将为实施国家的医疗改革起到极大的推动作用，逐步实现人人享有医保，人人享有国药。作为药物创制战略新体系的成员，背负着药物创新的责任，也忘不了为人民服务的目标，因而要完成这一宏伟目标，在建立药物创制战略新体系的同时，还要有大医科院的战略思想，形成重大任务联合攻关群体。陈竺部长强调实现这些，最重要的是要具有团结合作的精神。打破原来药物研究独立的单位孤军奋战的局面，学习航天工程精诚合作的精神，改变研究所现有桎梏开发新药的机制和体制，掘弃现有研究所中大多采用的课题组长负责制，设立研究部、学科部主任负责制等适合药物研究的机制，促进中国的药物研究做大做强。
最后，陈竺部长在学术方面和国家战略方面对药物所和医科院提出明确的目标。以药学基础研究为龙头，与医院相结合，发挥综合优势，真正实现基础与临床的有机结合；抓好药物研究大体系的建立，促进药物和临床的对接。基础、开发、临床等多方面相互促进，充分发挥整体综合优势。