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Nature人物:新测序技术牛人

来源:生物通
摘要:自加拿大的一位知名科学家研发了一种新型测序方法:Strand-seq,这种单细胞测序新方法能分别对单细胞的双亲DNA模板链进行测序,获得高分辨率的姊妹染色体交换图谱。对此NatureMethods杂志以人物特写的形式介绍了其人其事……每天我们的身体都会受到各种各样的攻击,辐射,化学品或运行中受到磨损的细胞进程,这些都会对我......

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自加拿大的一位知名科学家研发了一种新型测序方法:Strand-seq,这种单细胞测序新方法能分别对单细胞的双亲DNA模板链进行测序,获得高分辨率的姊妹染色体交换图谱。对此Nature Methods杂志以人物特写的形式介绍了其人其事……

每天我们的身体都会受到各种各样的攻击,辐射,化学品或运行中受到磨损的细胞进程,这些都会对我们的DNA造成伤害。但谢天谢地的是,我们能自行修复这些日常攻击造成的损害。Peter Lansdorp说,“其中有趣的是,有些细胞似乎比其它细胞得到了更好的保护,”Lansdorp对此感到十分好奇,为什么细胞修复能力存在差异,累积下来的损伤十分导致了年龄有关的细胞功能下降呢?

Lansdorp追寻着这些问题的答案,他目前任职于加拿大英属哥伦比亚大学,以及BC癌症研究机构。今年2月,他还应邀加入荷兰的格罗宁根大学,建立衰老生物学欧洲研究所。在这些实验室中,Lansdorp希望能通过一种称为Strand-seq的方法,进行传统测序方法无法完成的分析,比如DNA断裂后某些重拍是如何发生的。

这是一种检测姊妹染色体交换的单链测序新方法,这一方法能分别对单细胞的双亲DNA模板链进行测序,获得高分辨率的姊妹染色体交换图谱。 

在细胞分裂过程中,当双螺旋解旋后,两条染色体上的遗传信息偶然会出现交换,如果这样的交换水平不断提高,也就是DNA损伤和癌症的一个标志,那么传统的基因组测序方法就无法检测出来。

利用Strand-seq方法,Lansdorp和他的同事完成了单链DNA测序,并发现了首个基因组压力和不稳定性的痕迹。这种方法能来捕捉DNA一条链上的信息,并且能令研究人员对亲本DNA模板链进行单细胞测序。

这种方法的一大优点在于其提供了测序的方向。目前的方法都是在一个单细胞的DNA扩增和测序的时候,会丢失定向信息,Lansdorp说。这种丢失导致了这些方法难以检测到基因重排。而通过Strand-seq方法,则有可能发现细胞复制过程中,DNA序列的翻转或交换。(生物通:张迪)

作者: 2012-12-6
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