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复旦大学和中国疾病预防控制中心专家联手，在最短时间内确定了一种可导致人肺炎的新型重配的H7N9病毒。4月12日，国际顶尖医学期刊《新英格兰医学杂志》以《一种源自禽的新甲型流感病毒对人的感染》为题刊发了这一重大发现。
该论文的及时发表对我国乃至全世界科学家深入研究这种新病原特性，评价其对人类健康的威胁以及及时有效地制定出防控措施提供了可能，因而具有重大价值，这也是一篇临床与预防等领域的学者联手合作为中国及全球公共卫生作出重要贡献的论文。
2月底和3月初，上海市（复旦大学附属）第五人民医院呼吸科发现一例不明原因重症肺炎患者。接到这一病例标本，复旦大学上海医学院经过病原学筛查，未检出新型冠状病毒、SARS冠状病毒和人高致病性禽流感病毒（H5N1）。随即又采用多种策略扩基因片段并进行序列分析。后根据获得的核酸序列和反复的验证，提示此病毒可能是一种以H7N9新型流感病毒为基因骨架，同时含有多种流感基因片段的重配毒株，研究取得突破性进展。3月22日向中国疾控中心送检病例标本，实验结果得到中国CDC的复核和确认。
3月29日，中国疾控中心从标本中分离到H7N9禽流感病毒。3月30日，国家卫生计生委组织专家，最终诊断为人感染H7N9禽流感确诊病例，3月31日正式通报全球首次发现的新亚型流感病毒，既往仅在禽间发现。
对于新发现的禽流感病毒，该论文认为，新的重配病毒的流行潜力不能低估，还会在什么时间，什么地点以及如何出现，仍没有科学的证据和解释。由于目前该病毒感染造成的高病死率，作者提出要加快针对新病毒疫苗和抗病毒药物的研发。最重要的是，由于流感病毒非常容易突变，因此要对该病毒的进化行为密切关注，尤其要严密监测可能在人之间的传播。
相关专家认为，这是科学上的重大发现，显示自然界会不断有新病毒出现，与病毒及传染病的斗争将是长期的任务。此次病毒的及早发现，以科研实力证明我国自SARS以来应对新发突发传染病能力有显著提高。
国家流感中心主任舒跃龙12日接受记者采访时表示，确认新发传染病病原非常复杂、困难，他透露，随着对H7N9病毒研究的深入，未来还将陆续发表相关文章。
4月12日，国际著名医学期刊《新英格兰医学杂志》以《一种源自禽的新甲型流感病毒对人的感染》为题，刊发了我国发现新型人感染H7N9禽流感病毒这一重大发现。
2月底和3月初，作为重大专项哨点医院之一的上海市（复旦大学附属）第五人民医院呼吸科主任揭志军在诊疗过程中，发现一例不明原因重症肺炎患者，他迅速启动会诊程序，并以课题标本形式将该病例的标本送至上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心病原应急检测和生物安全部进行重点检测。
接到这一标本后，复旦大学上海医学院医学分子病毒学重点实验室主任袁正宏研究员和公卫中心实验室主任胡芸文副主任技师作为课题负责人和主要骨干带领实验室团队，立即开展了病原学筛查和进一步的致病原鉴定。经过病原学筛查，未检出新型冠状病毒、SARS冠状病毒和人高致病性禽流感病毒（H5N1）。于是他们推测此病毒不同于目前已知可感染人类的流感病毒，可能是一种新型流感病毒。随即，实验室又采用多种策略扩基因片段并进行序列分析，以搞清病毒基因序列特征和可能的来源。后根据获得的核酸序列和反复的验证，提示此病毒可能是一种以H9型流感病毒为基因骨架，同时含有多种流感基因片段的重配毒株。
取得此突破性进展后，他们在第一时间向上海市卫生局等汇报新型流感病毒研究情况及防控建议，得到上级主管部门的高度重视。
3月22日，上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心实验室在上海疾病预防控制中心的配合下，向中国疾病预防控制中心送检病例标本，实验结果得到中国CDC的复核和确认。
3月29日，中国疾病预防控制中心从患者的标本中分离到H7N9禽流感病毒。3月30日，中国国家卫生和计划生育委员会组织专家，依据病例的临床表现、实验室检测和流行病学调查结果，最终诊断为人感染H7N9禽流感确诊病例。
3月31日,国家卫生和计划生育委员会正式通报此次人感染的H7N9禽流感病毒是全球首次发现的新亚型流感病毒，既往仅在禽间发现。
对于这次新发现的禽流感病毒，该论文表示，新的重配H7N9禽流感病毒的流行潜力不能低估。新型H7N9禽流感病毒还会在什么时间、什么地点以及如何出现，仍没有科学的证据和解释。由于目前该病毒感染造成的高病死率，作者提倡在加强保护措施的同时也要加快针对新H7N9禽流感病毒疫苗和抗病毒药物的研发。最重要的是，由于流感病毒非常容易突变，因此要对该病毒的进化行为密切关注，尤其要严密监测可能在人之间的传播。
此次病毒的及早发现，为我国相关部门有效控制疾病传播提供了最直接的证据，以科研实力证明我国自SARS以来应对新发突发传染病能力有了显著提高。