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PRDM9(一个组蛋白H3甲基转移酶)被认为通过序列特异性结合来决定重组热点的位置。通过对携带不同Prdm9等位基因的小鼠中的热点进行全基因组分析,Galina Petukhova及其同事得出结论认为,PRDM9决定小鼠基因组中几乎所有热点的位置,假常染色体区域中的那些热点除外。对在没有PRDM9的小鼠和野生型小鼠中的重组启动点的优先位置所作的对比,显示了PRDM9蛋白在将重组机制与基因启动子区域和其他功能性基因组元素隔离中所起的一个出乎意料的作用。