苏北地区2003年病毒性脑膜炎爆发病原分离株Echo30的序列分析

2005年10月08日 中华流行病学杂志 2005 Vol.26 No.4 P.282-285 7 （上海）为了测定2003年苏北地区无菌性脑膜炎爆发的病毒分离株部分基因序列，了解该流行株的分子生物学特点及遗传变异规律，研究者随机选取3株分离的病毒株，用能特异性扩增肠道病毒VP1区3'段序列的两对引物012/011、040/011进行逆转录聚合酶链反应，扩增产物经凝胶纯化后测序。将序列输入GenBank用BLAST程序进行核苷酸和氨基酸序列比对；选取部分肠道病毒序列，经CLUSTALX1.83对齐后，在PHYLIP 3.5c中构建进化树，了解分离毒株Echo30的进化关系。结果 3株病毒测序结果均为Echo30型肠道病毒。进化树分析显示分离的Echo30毒株与国外1999年和2000年分离株的亲缘关系最近；但3株分离株自成一簇，与国外毒株存在地区差别。可见利用VP1区3'段序列可以快速正确区分肠道病毒分离株的型别，分离株与国外同型流行株在比较区段的遗传变异规律类似。