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《意见》要求，把深化公立医院改革作为保障和改善民生的重要举措，全面推开县级公立医院综合改革。将公平可及、群众受益作为改革出发点和立足点，坚持保基本、强基层、建机制，更加注重改革的系统性、整体性和协同性，统筹推进医疗、医保、医药改革，着力解决群众看病就医问题。加强分类指导，下放相关权限，给予政策支持。
《意见》明确，坚持公立医院公益性的基本定位，落实政府的领导责任、保障责任、管理责任、监督责任，充分发挥市场机制作用，建立维护公益性、调动积极性、保障可持续的运行新机制。2015年，在全国所有县(市)的县级公立医院破除以药补医，以管理体制、运行机制、服务价格调整、人事薪酬、医保支付等为重点，全面推开县级公立医院综合改革。2017年，现代医院管理制度基本建立，县域医疗卫生服务体系进一步完善，县级公立医院看大病、解难症水平明显提升，基本实现大病不出县，努力让群众就地就医。
《意见》提出9方面31条改革任务。
《意见》要求加强组织领导，确保按规定落实政府投入，各县(市)主要负责同志要亲自抓、负总责，分管负责同志要具体抓，切实做好实施工作。加强督导考核，将县级公立医院综合改革推进情况纳入对各级政府的绩效考核，考核结果与中央财政补助资金挂钩。