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抗生素的开发已经成为药物研发领域的一大挑战，卫生政策的转变使临床试验更加困难。另外，短期治疗尤其是针对普通的社区获得性感染疾病的抗生素药物因投资回报率下降也对制药公司失去了魅力。
尽管现在对新的抗生素药物的需求持续增加，然而现实中的种种因素都导致开发抗生素药物的相关投入下降。所有这些挑战都使开发者和仿制药竞争者开始通过新的途径进行抗生素的临床开发。
认识的转变
抗生素开发的一个重要的繁荣期是上世纪80年代至90年代中期，新的抗生素可在体外进行光谱活性、效能和抗药性的试验。动物模型提供的疗效证据即可作为人体有效性的依据。
那时候，抗生素开发可针对靶向器官和特定感染部位如呼吸道、泌尿道和血液感染。对普通的或并不复杂的感染如鼻窦炎或者较小的溃疡的研究就可确定其安全性、疗效。
也是在那时，抗生素一经获批便会具有广阔的销售前景并用于治疗复杂的感染疾病，不幸的是，抗生素在人群中的广泛应用，尤其是用于较轻的感染和呼吸道病毒感染，最终导致抗生素耐药率的增加。
2000～2010年，抗生素的安全性再次受到各国卫生当局的重视。与其他类别的药物不同，抗生素的应用周期较短，相对比较安全，不像长期服药的慢性疾病药物那样严格受到批准的限制。即使在2000年左右，抗生素一旦被批准就被认为是可以广泛安全使用的。然而，随着替马氟沙星、曲伐沙星和肯立克（Ketek，泰利霉素）上市后相关毒性的显现，人们对抗生素安全性的认识发生改变。
企业缺乏热情
由于抗生素新品获得批准越来越困难，制药公司开始将重点转向开发静脉给药型抗生素。针对医院较小患者群进行临床试验的抗生素被严格限制在更严重的感染疾病中。非口服抗生素更易获得批准，开发成本也较低，并且可通过保险付费，主要是由于这些感染疾病具有致命性。
而目前对于制药公司来说，FDA更容易批准的抗生素最好符合以下两个条件是：首先是治疗院内严重感染的抗生素，适应症包括成人社区获得性细菌性肺炎（CABP）和急性细菌性皮肤和皮肤结构感染（ABSSSI）等。其次是静脉给药的抗生素，仅仅能够口服的抗生素的批准前景还不是很清楚，主要是由于这些抗生素不能够治疗严重感染（严重感染通常需要静脉给药的抗生素）。
然而，制药公司对开发新抗生素的热情似乎并不高。
据美国感染病协会称，该国最大的13家制药公司中，仅有5家对开发抗生素感兴趣。这也难怪，治疗癌症和慢性病如糖尿病、心脏病甚至是秃顶的药物利润要比抗生素高得多，最贵的抗生素（利奈唑胺和达托霉素）只能使用1周，费用为1000~2000美元，而癌症药物可用数周、数月，花费是抗生素的10~20倍。而慢性病药物可以让患者在余生中一直应用，具有更高的回报。尽管细菌感染要比癌症或心脏病常见，由于抗生素利润较低，因此并不很受制药公司重视。虽然这一现象遭到批评家的反对，但是以市场为导向的制药公司并不为之所动，并且振振有词：“如果我们开发出新的抗生素药物，滥用还会继续，到时候我们还是无能为力。”
的确，我们现在已经处于抗生素应用转变的十字路口了。