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肥料是药用植物生长不可缺少的重要物质，它对促进其生长发育、提高产量和品质起着主导作用，但必须注意合理施用，不能沿用其他农作物的施肥方法进行套用或滥施。现根据中药材规范化、标准化生产（GAP）有关规定，归纳以下几点，供广大药农在生产时参考。
一、根据中药材的品种特性施肥
一般对于多年生，特别是根类和地下茎类的药用植物，如、等，以施用充分腐熟的有机肥为主，每亩增施钙镁磷肥50－70kg，增施钾肥，配合施用化肥，以满足整个生长期对养分的需要。一般全草类中药材可适当增施氮肥；花果实、种子类的中药材则应多施磷、钾肥。在中药材不同的生长阶段施肥不同，生育前期，多施氮肥，施用量要少，浓度要低；生长中期，用量和浓度应适当增加；生育后期，多用磷、钾肥，促进果实早熟，种子饱满。
二、因土施肥
1、砂质土壤，要重视有机肥如厩肥、堆肥、绿肥、土杂肥等的施用，并掺加粘土，增厚耕作层，增强其保水保肥能力。追肥应少量多次施用，避免一次施用过多而流失。
2、粘质土壤，应多施有机肥，并将速效性肥料作种肥和早期追肥，以利前期促早发。
3、壤质土壤，此类土壤兼有砂土、粘土的优点，是多数中药材栽培理想的土壤，施肥以有机肥和无机肥相结合，根据栽培品种的各生长阶段需求合理施用。
三、施肥原则
1、以三元复合肥为主，搭配使用有机肥。
2、以基肥为主配合使用追肥和种肥。
3、在施用农家肥的基础上，施用化肥，以改良土壤，提高中药材的品质。