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中药作为中华民族的瑰宝，以其丰富的资源，独特的疗效。不良反应小而受到世人的瞩目。同时，西药的研制难度越来越大，周期越来越长，投人越来越多，迫使许多国家将目光转移至中药，这给中药走出国门带来了难得的机遇。但中药的化学成分复杂，质量难以控制，是传统中药制剂的痼疾，这也成为中药跨出国门的“瓶颈”。
中药特别是中药复方，包含许多个化学成分，其疗效是整体协同的结果，因此对其物质基础的反映，不能仅仅从一个或几个成分进行说明，需从整体性上进行阐述。中药指纹图谱具有整体、宏观和模糊分析等特点，可以通过对中药整体特性的描述，采取适当模糊的处理方式，达到整体质量控制的目的。目前，美国FDA、英国草药典、印度草药典、德国药用植物学会、加拿大药用植物学会均接受指纹图谱的质量控制方法，这表明指纹图谱已成为国际公认的控制中成药、天然药物质量的最有效的方法。因此，为实现中药质量标准现代化并与国际接轨，国家食品药品监督管理局已下发了中药指纹图谱研究要求，首先要求对中药注射剂进行指纹图谱研究，并正在抓紧进行指纹图谱库的建立工作，以逐步实现中药材、中成药质量标准现代化。
中药指纹图谱需要结合现代分析技术手段。针对中药指纹图谱的研究所涉及的方法种类繁多，主要采用色谱方法分离特征成分；采用uV、IR、NMR、MS等光谱方法鉴定化合物的结构，提高指纹图谱的可信度。主要方法有TL C、TLCS、GC、GC—MS、HPLC、HPLC—MS、HPCE、IR、UV、NMR、x射线衍射以及DNA探针和生物色谱技术等，其中，色谱方法是主流方法，在中药指纹图谱研究中有着广泛的应用。下面就目前常用的中药指纹图谱进行论述。
1、薄层色谱(TLC)和高效薄层色谱(HPLC)指纹图谱
谢培山等早在1987年就报道了人参类药材HPLC指纹色谱图像分析。此后，又采用TLC建立了黄连的指纹图谱，结果显示，各原小檗碱型生物碱均为灵敏度很高的亮黄色荧光斑点，是其特点；其次，表小檗碱及黄连碱的有无或多少则构成相应的区别。
2、气相色谱(GC)及气相色谱一质谱联用(GC—MS)指纹图谱
毛细管气相色谱所包含的大量特征成分数据，犹如人类的指纹，具有特征代表性，在中药成分研究中主要用于中药挥发性成分的分离、鉴别。
吉力等用GC—MS联用法分析了草麻黄、中麻黄和木贼麻黄挥发油的化学成分，并测定了各成分的相对百分含量，共鉴定了127个化学成分。刑俊波等 用此方法对不同产地金银花挥发油进行了比较分析。
3、高效液相色谱(HPLC)及高效液相与质谱联用(HPLC—MS)指纹图谱
HPLC是2O世纪6O年代开始的一项现代分析技术，是在液相色谱的技术基础上，结合气相色谱技术发展起来的，具有高效、快速、灵敏、重现性好、应用范围广等特点，目前已成为中药质量控制的首选方法，适合于中药复杂成分的分离、分析和指纹图谱的建立。洪筱坤等7]在大黄的研究中，以《中华人民共和国药典》收载的3种正品大黄的9个样品为基准，对来自全国各地的1O个样品进行了指纹分析。结果表明，利用正品大黄的HPLC指纹特征易于区别非正品大黄，且与生药鉴定结果相符。张聪等8 对中国红参和高丽红参进与生药鉴定结果相符。张聪等对中国红参和高丽红参进行了HPLC指纹图谱比较研究。它们相互间的色谱重叠率在65 以上，即使3个高丽红参样品，它们之间重叠率仅为63 ～66 ；从各样品的8强峰来看，有8个样品的相对面积总和在55％以上，表明国产红参和进口高丽红参的品质十分接近。
张尊建等采用HPLC—UV—MS法对丹参药材、丹参注射液中间体及丹参注射液进行指纹图谱的研究，得到了分离较好的丹参药材、中间体及注射液的HPLC—UV—MS指纹图谱，为丹参药材、中间体及注射液的质量控制提供了全面、可靠的依据。张皓冰等^1 采用HPLC—MS联用技术，测定样品
中麝香酮的含量，同时实现了麝香酮的定性与定量分析。
4、高效毛细管电泳(HPCE)指纹图谱
HPCE技术在中药材鉴别中的应用是近几年发展起来的，它具有高效、快速、分辨力强、重现性好的特点，在中药质量标准制订方面的优势越来越明显。用该法鉴别菟丝子、海马、海龙获得了成功，在黄酮苷、生物碱的分析中，也得到了满意的结果。王钢力等对11种卷柏属药用植物进行了HPCE指纹图谱研究，建立了18个样品的毛细管电泳的指纹图谱。结果显示，各主要色谱峰的DAD光谱均显示黄酮特征，说明卷柏属植物在黄酮类成分上既有共性，也存在差别，这种差别对于药材品种的鉴别有着一定的意义。
5、傅里叶红外光谱(FTIR)指纹图谱
FTIR技术作为构建指纹图谱的组成部分，在中药标准的构建中也发挥着相当重要的作用，尤其是这一技术作为中药鉴别的辅助手段，近年来发展较快。周红涛等首次运用FTIR对不同产地芍药根部的混合化学系进行了全组份快速分析，为赤芍道地商品的鉴别及质量控制提供了可靠的依据。程存归等采用FTIR直接测定延胡索及其伪品的红外光谱。