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流感是由流感病毒引起的，因此使用抗菌药物治疗往往无效。滥用抗菌药物，还可造成耐药菌株感染。另外，使用抗菌药物还可能出现某些副作用，加重病情。因此，在患流感的早期，可以按照常规疗法对症治疗，如果高热几天不退，咳嗽加重、咳脓痰或血痰，到医院检检查末梢血白细胞升高，这可能是并发了其他细菌或支原体感染。这种情况下可在医生的指导下使用抗菌药物。
有几类病人可预防性使用抗菌药物：婴幼儿、老年体弱者、有感染性基础疾病或易患感染因素者、长期使用免疫抑制剂治疗的病人。但预防使用抗菌药物的时间不易过长。
呼吸道感染的病原常是革兰氏染色阳性的球菌，胃肠道和泌尿系统感染的病原常是革兰氏染色阴性的杆菌。所以，使用抗菌药物时还要针对不同的病原，给予不同的抗菌药物。