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德科学家获五角大楼DNA分析比赛冠军

来源:中国科学报
摘要:由美国国防部发起的一项dna分析挑战比预期更为困难,但是赢家已经出现。上周,国防部宣布,huson队将会因其快速的dna分析计算机程序获得100万美元奖金。...

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由美国国防部发起的一项dna分析挑战比预期更为困难,但是赢家已经出现。上周,国防部宣布,huson队将会因其快速的dna分析计算机程序获得100万美元奖金。今年早些时候,在103名参赛者中仅有3名脱颖而出进入决赛时,该比赛的设计和得分制度曾引来一些顶级竞赛者的严厉批评。

德国蒂宾根大学生物信息学家daniel huson的队伍进入了决赛,他称,他和队友对可能夺冠有“良好的感觉”。他们兴奋地发现,自己的感觉是对的。

这场官方名称为国防威胁降低局(dtra)算法挑战赛的竞赛,试图寻求一个更好的方法来确认dna样本中的组织和基因,以识别可能的生物恐怖威胁。该挑战赛对任何人都开放,参与者通过在线竞赛主持人inno centive提交其作品。huson称,他享受赢得竞赛所需要的疯狂而不间断的工作:“唯一一次像这样的工作,是我在塞雷拉基因公司研究人体基因组的时候。”

竞赛中,参与者需要在9组基因数据中获得一个及格的准确分数。一些人表达了对dtra模糊的得分算法的不满,觉得自己不得不开发程序来满足一些并不明确的要求。

事实证明,该任务过于困难,dtra不得不延长截止日期并放松要求。这时,huson和他的两名同事——环境生命科学工程中心生物信息学家xie chao和蒂宾根大学的计算机科学研究生benjamin buchfink——才开始组队参加比赛。

“得分方式十分微妙。”huson承认,“确实有些事让人感到惊讶。”不过他表示,他的团队通过尝试许多不同的方法得以稳定发展。(张冬冬)

作者: 2013-10-4
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