功能基因组和生物芯片
主攻方向：
“功能基因组和生物芯片”重大专项的实施对于推进我国生命科学和生物技术的发展发挥了重要的作用，为我国生物技术产业开辟了广阔的前景，奠定了我国生物芯片新产业的基础。
技术突破：
在医药方面，已经验证并具有重要应用前景的功能基因56个。其中，14个新的单基因
遗传病致病基因、16个用于
肿瘤血清学诊断和分子分型的基因的发现和确证，将开创我国新型医学分子诊断技术和产业的新局面；18个潜在的药物靶标、15个肿瘤药物先导化合物的发现，将改变我国医药产业原始创新能力不足的被动局面。
在农业方面，拥有我国自主知识产权的分蘖基因、脆杆基因、抗旱基因、营养高效利用基因已经开始应用于我国农作物新品种的选育，为我国农业生产的发展，保障粮食安全发挥重要作用。
在传统产业改造方面，通过功能基因组研究提高了对发酵工业生产菌株的优选技术，选择的优良青霉素生产菌株和维生素C生产菌株已经应用于工业化生产，显著增加了生产效率，提高了我国在青霉素和维生素产业的国际竞争能力。
社会效益：
目前，我国已经形成了北京、上海、西安、天津和南京5个生物芯片研发和产业化基地。200多项生物芯片和配套设备新产品研制成功，其中6项产品获得上市许可。到2005年底，生物芯片基地的产品和技术服务销售额达到2亿元。特别值得一提的是，我国自主研发的生物芯片技术和产品已经开始向美国等发达国家
出口，技术转让和出口近7000万元，开始打破我国在生物技术高端仪器设备方面完全依赖
进口的局面。生物芯片技术和产业的发展也对我国疾病诊断、药物研发、
食品安全监测等技术和产业领域产生了良好的推动作用。
改变了我国生物技术领域原始性创新的被动局面。到2005年底，共申请国内专利1021项，批准178项，申请国际专利202项，批准34项。30多个功能明确的新基因有望在医疗诊断、药物创新等方面得到应用。10个左右新基因已经开始进行作物品种改良的尝试。
全面提升了我国生命科学和生物技术的总体水平。到2005年底，共发表
论文1709篇，其中在国际刊物上发表的论文1151篇，影响因子超过10的高水平论文62篇。影响因子在5—10的论文241篇。自本专项实施以来，已经在《NATURE》、《SCI鄄ENCE》和《CELL》国际刊物上发表论文21篇。
继2000年完成国际人类基因组测序（HUGO）1％任务之后，我国科学家又于2005年顺利完成了所承担了人类SNP（单核苷酸多态性）作图国际计划（HapMap）10％的任务，且国际公认我国科学家完成的质量是最好的；目前又发起并领导了“国际人类肝脏蛋白质组计划”（HLPP）。此外，在“十五”期间还独立完成了水稻、家蚕、血吸虫等重要物种的全基因组测序工作。
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