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糖可发酵生成乙醇，但生物燃料的生产会受到制糖成本和可用土地生产效率的限制。近日，据国外媒体报道，美国新泽西州一家名为Proterro的新创公司正在努力利用光合作用微生物以极低成本和高产量生产糖分。它曾融资500万美元，最近又在风投公司宝马能源主导的融资竞标中获得350万美元投资，得以继续研发此项技术。
Proterro以工程方法让蓝藻细菌通过光合作用持续分泌蔗糖，希望借此降低成本、提高产量。它计划将制糖成本降到每镑5分钱，还不到现有糖价的1/3.公司称实验室研究表明，如果扩大生产规模，那么以当前蓝藻细菌的生产水平，每英亩糖分的产量将比甘蔗多10倍。蓝藻细菌是在封闭、透明的容器中培养的。公司认为可进一步工程化细菌，将产量提高到比甘蔗多30倍。
其他一些公司也在培养可用作生物燃料的光合作用有机物，一般都是利用海藻生产石油，而不是糖分。这些方法面临许多问题，其中之一是获取和处理这种石油成本很高。此外，尽管每英亩产量可能很可观，但培养微生物所需容器、水泵等设备成本可能会很高，使得整个生产工艺并不经济。
Proterro则努力在降低工艺成本，方法之一是减少用水量。它新近设计的光生物反应器（用来培养细菌、收集糖分）是在一块织物上培养蓝藻细菌，以少许水分保持织物湿润，水分和营养就能维持细菌生长。但Proterro的这种方法有个问题，即蓝藻细菌在分泌糖分的同时也为其他微生物的生长创造了理想环境。不过公司表示，在某次实验中，即使特意在光生物反应器中放入其他微生物，蓝藻细菌仍可保持高水平的糖分产量。