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一、沙门氏菌病
本病是一种人畜共患病，是所有普通级实验动物应排除的一种疾病。
1. 病原体
沙门氏菌(salmonella sp)，为革兰氏阴性的短杆菌，无芽孢、鞭毛。此菌抵抗力弱，60℃以上和一些常规消毒药就可将其杀死，但在饮水、土壤和粪便中可存活数月。
2. 流行病学
传染源为患病和病死的动物。人和各类实验动物均可感染,人感染后发生肠道疾病,呈食物中毒症状。本病可水平传播，如通过接触病死或带菌的动物以及被污染的饲料饮水而发病，苍蝇和野鼠是重要的传播媒介。
3. 临床症状
急性呈暴发型，看不到任何临床症状动物就大批死亡，往往是下班时一切正常，第二天上班发现动物已有1/3死亡。亚急性表现为病鼠食欲、饮欲减退甚至废绝，被毛蓬乱无光泽，眼结膜发炎、眼睑粘合；腹泻，粪便呈泡沫状粘液、黄绿色、味恶臭,严重时粪便中带有血丝，通常可见病鼠腹部膨大，手弹可听到明显的鼓音,一般病程二、三周。慢性的有上述症状，但症状较轻，患鼠逐渐消瘦，二、三周后逐渐恢复。
4. 诊断
根据临床症状和尸体剖检作初步诊断，确诊须作细菌学检查。
5. 防治
加强饲料、饮水、笼具、垫料的消毒，严防野鼠、苍蝇污染饲料、饮水。 饲养室定期消毒。定期进行微生物检测，发现病鼠和带菌鼠及时处理。
一般鼠群感染本病，很难彻底排除，需全群淘汰，重新引种。
二、支原体病
1. 病原体
肺支原体(mycoplasma pulmonis)，革兰氏染色阴性，典型的支原体菌落为圆形，支原体没有细胞壁，呈多种形态，如圆形、杆状、放射状、环状。它广泛存在于自然界，能引起人和动植物的多种疾病。
2. 流行病学传染源为发病或隐性带菌的动物。它主要以呼吸道感染为传播途径，但没有严格的宿主，人、各种实验动物都可发病，植物也能感染。
3. 临床症状
大鼠主要引发肺炎症状。动物突然发病,呼吸急促甚至呼吸困难，有支气管肺炎或细支气管扩张和肺脓肿症状。病鼠体重减轻,被毛粗乱,常常在饲养盒一角蹲缩。大鼠最易感染的部位是呼吸道和关节，感染部位可见病理变化，主要表现为炎症反应,包括充血、水肿以及浆液性分泌物形成。
4. 诊断
大鼠鼻咽部擦拭取材培养，检查出支原体即可确诊。
5. 预防及控制
预防本病的措施是加强饲养室的卫生消毒工作,对饲养室周围的环境进行化学药物消毒。控制本病的最有效的办法是保持无支原体的动物种群,可采取剖腹产净化种群。
三、流行性出血热（EHF）
流行性出血热是一种人畜共患病，我国是重疫区,近几年屡有报道发生流行性出血热造成人员死亡。对实验动物而言，各种实验动物都可发病，尤以大鼠发生较多,所以又称为大鼠流行性出血热。
1. 病原体
主要是流行性出血热病毒(epidemic hemorrhagic fever virus,EHFV)。1978年，朝鲜李镐汪首次从黑线姬鼠肺中分离出该病毒。随后，我国科研人员也从大鼠肺中分离出该病毒。
本病毒为RNA病毒、有核衣壳包膜，病毒颗粒结构粗大、较集中，平均直径为100um（50-150）,它对乙醚敏感，不耐酸、不耐热，在50℃30分钟或PH3.0条件下37℃1小时就可灭活。
2. 流行病学
野鼠是主要的传染源，我国带毒野鼠有黑线姬鼠、褐家鼠、大林家鼠等。 本病易感对象广泛，包括人类和各种实验动物，尤其大鼠发生较多。它可通过多种途径传播,主要有虫媒传播、消化道传播、接触传播、呼吸道传播，究竟以哪种方式为主进行传播还有待研究。
3. 临床症状
主要表现为发热、出血倾向、肾脏损害。大鼠体温升高到40℃（正常体温37.8 －38.7 ℃）。解剖可见浆膜、脏器出血明显，毛细血管损伤，肾脏肿胀，体积增大，表面及包膜下充血、出血，切面可见皮质苍白，髓质呈紫红色，高度充血、出血，有灶性缺血性坏死。
4. 预防
第一，消灭野鼠，不论居民区还是饲养区都要下大力气进行灭野鼠工作，定期、定时统一行动。第二，建立严格的清洗消毒制度，饲料、垫料、笼具、工作服都要彻底消毒。第三，做好个人防护，饲养人员、接触动物的科研人员严格按操作规程操作，工作完毕彻底更换衣物，用肥皂水洗手。第四，定期检测动物，发现疫情及时采取相应措施并报告卫生防疫部门。