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“三因制宜”是《内经》中重要的治疗思想，分为因人、因地、因时制宜三个方面，主要见于《素问·五常政大论》、《素问·六元正纪大论》、《素问·异法方宜论》、《灵枢·五变》等篇。“三因制宜”治疗思想是在长期的医疗实践中形成的，强调了人与生存环境的协调统一，与《内经》学术原理中最具特色的整体观念一脉相承。
产 生
因人制宜
《内经》体质学说是形成“因人制宜”治疗思想的理论基础。《内经》认为体质是一种生理、心理特性，其形成与脏腑、经络、精气神的功能有关。由于年龄、性别、社会因素、精神状态等的差异性，导致了个体体质的不同。《素问·上古天真论》记载女子以七岁、男子以八岁为一阶段，论述了各个年龄段的生理特征和体质情况，还指出了男女成长发育的差异。《灵枢·天年》还以十岁为阶段对人的衰老过程进行了表述，如“四十岁……腠理始疏，荣华颓落，发颇斑白，平盛不摇，故好坐；五十岁，肝气始衰，肝叶始薄，胆汁始减，目始不明；六十岁，心气始衰，若忧悲，血气懈惰，故好卧；七十岁，脾气虚，皮肤枯；八十岁，肺气衰，魄离，故言善误；九十岁，肾气焦，四脏经脉空虚；百岁，五脏皆虚，神气皆去，形骸独居而终矣”。《素问·疏五过论》云经历过贫贱、苦乐等急剧变化者，“身体日减，气虚无精”，“精气竭绝，形体毁沮”。《灵枢·本脏》曰：“意志和则精神专直，魂魄不散，悔怒不起，五脏不受邪矣。”若突然受到精神创伤必会影响脏腑经络功能，精神刺激长期存在则会进一步引起体质改变。《素问·举痛论》云：“怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下，……惊则气乱……思则气结。”由辨体质的不同引申出辨证的概念，从而形成了中医学个体化的诊疗思路和方法。
因地制宜
我国很早就已认识到地理环境可以影响人体，如成书于春秋战国时的《大戴礼记·本命第八十》云：“坚土之人肥，虚土之人大，沙土之人细，息土之人美，耗土之人丑。”认为土质不同，人的体质有“肥、大、细、美、丑”的差异。《吕氏春秋·月令》曰：“轻水所多秃与瘿人”，“重水所多尰与躄人”，“甘水所多好与美人”，“辛水所多疽与痤人”，“苦水所多尪与伛人。”《管子·水地》亦有云：“夫齐之水，道燥而复，故其民贪粗而好勇；楚之水，淖弱而清，故其民轻果而贼；越之水，浊重而洎，故其民愚疾而垢；秦之水，泔而稽，淤滞而杂，故其民贪戾罔而好事。”均提出地理不同则可导致地区的多发病。至于其原因，古人认为地理不同，发病病邪特性有别，正如《素问·阴阳应象大论》云：“东方生风”、“南方生热”、“西方生燥”、“北方生寒”、“中央生湿”等。不仅如此，古人进一步提出了地理不同，居民体质特点有异，会直接影响人的寿命，正如《素问·五常政大论》所说：“阴精所奉其人寿，阳精所降其人夭”，“高者其气寿，下者其气夭。”
因时制宜
《内经》认为人生活在自然界之中，自然界所存在的一些规律性的变化，如昼夜交换、寒暑交替、四季转换规律等，直接影响着人体，导致人也产生了节律性的变化，如《素问·脉要精微论》云：“万物之外，六合之内，天地之变，阴阳之应，彼春之暖，为夏之暑，彼秋之忿，为冬之怒，四变之动，脉与之上下，以春应中规，夏应中矩，秋应中衡，冬应中权。”表明四季阴阳变化使人体产生相应的节律，表现在脉象上则有春规、夏矩、秋衡、冬权。《素问·金匮真言论》亦云：“平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也；合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也；鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。故人亦应之。”说明地球上有昼夜阴阳消长变化的规律，故人亦应该有昼寤夜寐的节律变化。由于四时阴阳变化是万物生长收藏之本，人体生命活动的时间节律必顺应自然界这个规律，因此人体脏腑经脉、气血盛衰、阴阳消长等亦有节律可循。
由上不难看出，“三因制宜”治疗思想的产生是古人长期医疗实践的结果，是中国古人长期生活实践观察与整体观念指导的结果。
内 容
因人制宜
同一种病邪侵犯人体，不同体质的人群发病与否各不相同。《素问·经脉别论》认为，当不同体质的个体遇到夜行劳倦、堕坠惊恐、渡水跌仆等情况时，“勇者气行则已，怯者则著而为病也”。说明发病与否取决于体质强弱,心理素质勇怯等因素。而《灵枢·五变》进一步以匠人伐木类比人之体质与发病的关系，认为体质不同是“同时得病，其病各异”的根本原因，“夫一木之中，坚脆不同，坚者则刚，脆者易伤，况其材木之不同，皮之厚薄，汁之多少，而各异耶”。不仅如此，而且认为体质不同，患病的部位也多有不同，如云：“木之所伤也，皆伤其枝。枝之刚脆而坚，未成伤也。人之有常病也，亦因其骨节皮肤腠理之不坚固者，邪之所舍也，故常为病也。”而感受邪气后出现何种性质的疾病，也由体质决定，如《灵枢·五变》举例云：“肉不坚，腠理疏，则善病风”，“五脏皆柔弱者，善病消瘅”，“小骨弱肉者，善病寒热”，“粗理而肉不坚者，善病痹”，“皮肤薄而不泽，肉不坚而淖泽，如此则肠胃恶，恶则邪气留止，积聚乃伤脾胃之间，寒温不次，邪气稍至。蓄积留止，大聚乃起。”《素问·痹论》亦提到同样感受风寒湿之邪而致痹证，“阳气少，阴气多”的体质者，表现为肢体骨节寒冷、疼痛剧烈的痛痹；“阳气多，阴气少”的体质者，表现为骨节红肿热痛、发热、口干、舌红的热痹。正是由于人体质不同所导致的病证不同，因而治疗各异。
因地制宜
《内经》详细地论述了不同地域、地势与地理对人体生理、病理的影响，为因地制宜治则提供了理论依据。正如张志聪所云：“治病之法，各有异同。五方之民，居处衣食，受病治疗，各有所宜。”《素问·异法方宜论》从东方、南方、西方、北方、中央五方不同地区、不同饮食习惯的人体质不同出发，提出在治疗上必须因地制宜，各有所异。因而总结出砭石、九针、毒药、灸焫、导引等不同的治疗方法，各有它所适宜的不同病情。地区不同，物产不同，人们的饮食习惯亦有差异。不同地区的饮食习惯差异是导致地方多发病的原因。如果长期进食某种食物，往往会使脏腑机能发生不同的功能紊乱，产生不同的病变，如《素问·异法方宜论》云：“东方之域……其民食鱼而嗜咸……故其民皆黑色疏理，其病皆为痈疡。”居于东方者，多食鱼、偏嗜咸味，居民多热积于中，易外发疮疡痈疽。“西方者……其民陵居而多风，水土刚强，其民不衣而褐荐，其民华食而脂肥，故邪不能伤其形体，其病生于内。”居于西方者，食物多为酥酪膏肉之类，形体强壮，其病多由饮食不节、七情内伤等所致。“北方者……其民乐野处而乳食，脏寒生满病。”居于北方者，多食用牛羊乳等，因气候寒冷故人体多脏寒，发生胀满一类的疾病。“南方者……其民嗜酸而食胕，故其民皆致理而赤色，其病挛痹。”居于南方者，多食酸味或酵化过之物，其病多为筋脉拘挛、筋骨疼痛之类。“中央者……其民食杂而不劳，故其病多痿厥寒热。”居于中央地域者，食物品种繁杂，劳动较少，其病多为痿躄、厥逆、寒热之类。正是由于中医学因地制宜治疗思想的运用，也才逐渐形成了我国因地域不同的众多流派，如岭南、新安医学流派等。
因时制宜
在自然界四时阴阳消长节律的影响下，疾病在春夏季节因阳长而易于热化，于秋冬因阴长而易于寒化，为了防止其热寒之变，保证用药疗效，《素问·六元正纪大论》曰：“用寒远寒，用凉远凉，用温远温，用热远热，食宜同法。有假者反常，反是者病，所谓时也。故曰：无失天信，无逆气宜，无翼其胜，无赞其复，是谓至治。”即在秋冬阴气旺盛之时应佐用温热之品，或者运用寒药治疗疾病时注意避免用寒药太过；在春夏阳气旺盛之时应佐用寒冷之品，或者运用热药治疗疾病时注意避免用热药太过等。
“无逆气宜”，与《素问·五常政大论》所说“时不可违”精神是一致的，即不要违背六气主时之宜，是强调针刺、药物、饮食要遵循因时制宜的治疗法则。因季节不同施治可以从以下三个方面理解：其一，一年四季的气温，有温热凉寒的变化，其主气不同，主气淫盛之邪不同，导致的疾病也不同，即所谓的四时多发病，如春季的风温、春温，夏季的暑温，长夏湿温，秋多燥病，冬多伤寒等，用药当然不同。其二，季节不同，自然界阴阳之气的消长盛衰有异，人体阴阳气血浮沉状态也有变化，因而用药时，要做到药性与季节之寒热温凉相避，以防太过伤人，故根据时令的不同，采取不同的治疗方法。其三，季节不同，气候特点有春生、夏长、秋收、冬藏的不同，不论养生还是治疗疾病也应考虑顺应所处季节本身之气，尤其对于虚弱之体应予补益者。如冬病夏治，即借助夏季阳气强盛之势来快速促进人体阳气恢复，从而治疗阳气不足之证。