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《内经》在阴阳概念的生命规律前提下，将神概念广泛地运用于养生及疾病的诊治之中，充分体现了作者将哲学中的神范畴引入医学领域的动因和指归。“凡刺之法，先必本于神”，将“治神”作为指导养生和临床诊治疾病之首务，充分反映了《内经》的论“神”观念和价值取向。
“神”在养生中的应用
养生又称为“道生”、“摄生”，是“治未病”的主要内容。《内经》认为，一个合格的临床医务工作者必须具备五方面的知识和技能。“一曰治神，二曰知养身，三曰知毒药为真，四曰制砭石小大，五曰知府藏血气之诊”。《内经》在其确立的养身原则和具体方法时要求，务必做到“恬淡虚无”、“精神内守”，要“志闲而少欲，心安而不惧”等等，并据此原则，制订了顺应四时气候特征的“养神”措施。只有如此，才能达到“形与神俱而尽终其天年”的养生最高境界。
可见，《内经》确立养生理论中的“养神”原则和措施，其内涵主要有两层意义，一是遵循生命总规律而“养神”，强调人类要遵循生命规律安排自己的生活起居而不能违逆之；二是遵循人类心理活动规律而“养神”。
“神”的概念在诊法中的应用
在以阴阳概念所表达的客观事物固有规律的观念指导下，《内经》所创立的诊法理论也广泛地应用了“神”概念，并且以此作为判断疾病，评价病情，预测吉凶的指标。因为四诊所收集的症状和体征都是生命活动规律在特殊状态（即病理状态）时的外在表现，无论是望诊所收集的五色、舌象、形体姿态、目光等数据，或者闻诊中的语言气息，或者问病人的饮食口味，或切脉获取的脉象等等，都存在着有神（又谓得神）、少神（又称神气不足或神虚）、无神（又称失神）、甚至有“神乱”和“假神”等不同量级的病理表现。这都是病人整体生命规律在轻重不同病理状态下的外在表现。无论是色之有神无神、舌之有神无神、脉象之有神无神、目光之有神无神，或者饮食口味、语言气息、形体姿态之有神无神，都有其客观自在规律，都是整体生命规律在特定病理阶段在局部的映射。医生就是掌握并利用这些规律和相应的思维方法，将神在色、舌、脉、目光、饮食口味、语言气息甚至形体姿态方面的投影（即症状和体征），作为判断整体生命规律之“神”的盛衰、多少、有无、真假的标准，可以进一步作为指导临床治疗的依据，这就是“失神者死，得神者生”、“得神者昌，失神者亡”观点发生的由来和背景。
“神”概念在治疗学中的应用
《内经》将人体正气对各种治疗措施的反应性及其规律也以“神”概之，如《素问·汤液醪醴论》中将病人正气衰微出现“针石不能治，良药不能及”的现象称为“神不使”即是其例。