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王琦教授临证多年，积累了丰富的临床经验，尤其对方剂的使用颇有心得，跟师学习，往往有恍然大悟之感，观其用方，往往由源及流，发微道隐，不断启迪和拓展我们的临床思路，提高我们的临床技能，跟师3年，颇有感触。
用方思想
经方论
众所周知，王琦教授推崇和重视经方的使用，临床治疗常以经方为基础加减化裁，如用寒温并用、安蛔止痛的乌梅丸治疗久痢、慢性结肠炎，皆多历验不爽；用滋阴清热、淡渗利水的猪苓汤治疗尿路结石、血尿亦用之恒效；用和胃补虚、清热消痞的甘草泻心汤治疗湿热内郁的复发性口疮疗效颇佳；用和解少阳、和胃降逆的小柴胡汤治疗便秘也取得了很好的治疗效果。正如他本人在《方药活用论》中所说“张仲景之学，实实在在运用于临床，乃是根本；张仲景之方，若灵活应用于今病，乃见生命。张仲景方如何灵活运用，关系到学者自身的思维技巧。张仲景之方，一方可以治多病，而不是因经定方。经方应用，当以病机为核心，抓住了病机，就可举一反三，触类旁通”。王琦教授灵活应用经方，拓展经方的适用病证，使用经方往往根据方证病机而不拘泥于句下，其用经方治疗的病症涉及面很广。
活方论
王琦教授临证不仅使用经方，也使用名方、专方、小方、自拟方，明其理而活其法，临证既能执守，又能圆通，如三子养亲汤原治老人痰壅气滞，咳嗽气喘等症，因其有理气化痰之功，故常用于痰湿之人肥胖、高血脂等症；千金苇茎汤原治肺痈，热毒壅滞、痰瘀互结证，因此方具有清肺化痰、逐瘀排脓之作用，故治疗多种皮肤科疾病，尤其是治疗皮肤红肿有脓疱的痤疮效果很好。王琦教授在《方药活用论》提出：“经方时方各擅其长，无需各立门户；辨证用方专病专方，无需形同水火；复方单方择善而从，无需厚此薄彼；活方活法活用，全在领悟贯通。”
主病主方论
王琦教授临证也主张主病主方，他推崇清代名医徐大椿在《兰台轨范·序》中所云：“欲治病者，必先识病之名，能识病之名而后求病之所由生，原其所由生，又当辨其生之因各不同，而病症所由异，然后考虑其治之法，一病必有主方，一病必有主药。”王琦教授临证在多种疾病的治疗中体现了一病必有主方的思想，如治疗性功能障碍用疏肝益阳胶囊；治疗少弱精子症，用黄精赞育胶囊；治疗单纯性肥胖、高血脂用化痰祛湿方等等。
王琦教授临证用方非常灵活，根据病情，紧抓主证，不拘泥于经方、时方，但必根据医理，使方有法可循，有理可依，逐步形成自己独特的临证用方用药经验。处方用药常常由源及流，透过表象，探寻病源；用方必有大法，而法必明于理，或阐明古意，或发明新用；用药犹如排兵布阵，极其考究，力求功专力宏而又小巧价廉。
用方特点
王琦教授的用方思想给予我们很多启迪，对我们的临床实践有很大的指导作用。除了用方思想，王琦教授的用方经验也体现在很多方面，可以整体概括为：
注重辨体用方
王琦教授是中医体质学说的创始人，在多年的临床摸索过程中创立了“辨体—辨病—辨证诊疗模式”，其以辨体论治为基础和根本，以“体病相关”和“体质可调”理论为依据，在临证用方时把握患者客观现实情况，或防病重调体，或治病先调体，或治病兼调体。其把体质分为气虚、阳虚、阴虚、气郁、痰湿、湿热、瘀血、特禀、平和质等，除平和质外，每种体质各有调体主方，如气虚质以补中益气汤为调体之方；气郁质以逍遥散、柴胡舒肝散为调体主方；血瘀质以血府逐瘀汤为调体主方等。临床中重视体质因素，将辨体-辨病-辨证有机的结合却能很好的提高临床疗效。
用方广博兼容
王琦教授多年来勤奋好学，广读医书，不仅涉猎经典，而且也重视其他医家的著作和医案，如张锡纯的《医学衷中参西录》、李东垣的《脾胃论》和《医学发明》、徐灵胎的《洄溪医案》等都是其常读之书。众多医家的学术思想融入其临床用方中，他喜用经方，如桂枝剂、柴胡剂都是其临证常用方，也兼容其他医家之方，如张锡纯的建瓴汤、王清任的血府逐瘀汤、李东垣的复元活血汤、当归六黄汤等等也是其常用之方。
方剂小巧凝炼
临床中观王琦教授用方，用药不过10味8味，却针对病情，体现医理，疗效精准，方中药物凝练，一药多途。曾有王琦教授以一味桑叶治愈病人多汗症的传说。其在临证中重视使用经方、小方，曾专门撰写文章《医生处方用药力求少而精》、《加强小方小药的研究工作》等呼吁对小方、经方的使用。尤其是在当今药费飞涨的时代，更凸显小方的可贵。
用方依理多发挥
王琦教授临证用方不拘泥于方剂书所传授的功用主治，常常根据组方机理、药物配伍作用灵活运用多种方剂，使之活泼应用于临床，更好的发挥其临床功用。如当归贝母苦参丸方出《金匮要略》，原为治疗妇人妊娠血虚郁热小便难之主方，王琦教授却用此方治疗前列腺炎、前列腺增生、尿道炎等郁热瘀阻下焦的病症，临床效果奇佳。又如复元活血汤方出金元医家李东垣《医学发明》，是治疗跌打损伤，瘀血留于胁下，痛不可忍之常用方，王琦教授认为本方除活血化瘀外，还有清热凉血的作用，在临床上运用本方治疗慢性前列腺炎盆腔综合症所表现的腰部以下、耻骨以上或膀胱区域的疼痛不适，具有较好的疗效。
重视合方思想
王琦教授也提倡合方使用，或经方与经方合；或经方与名方合，或经方与时方合等等，充分发挥其针对病机，抓主证的用方思想，其合方运用的思想在内科杂病、妇科、男科、泌尿生殖系统等多学科的治疗中都有体现，在脾胃病的治疗中尤为突出。在脾胃病中常用的不外泻心汤类、丹参饮、参苓白术散、保和丸、小柴胡汤、半夏厚朴汤等，其用方并不多，但加减合方使用，变生众方，活泼应用于临床，发挥着很好的临床疗效。如其就常用半夏泻心汤合丹参饮治疗慢性胃炎胃脘疼痛合并泛酸等症；用乌梅丸合现代名医朱良春的桔仙汤治疗慢性腹泻等。
基于临床经验自拟方
王琦教授勤临床，多临床，根据自己多年的临床经验创制了很多自拟方，如治疗过敏性疾病的“过敏康”，治疗痰湿体质的“化痰祛湿方”，治疗泌尿系感染的“五草汤”，其中治疗勃起功能障碍的国家新药“疏肝益阳胶囊”和治疗男性不育新药“黄精赞育胶囊”获得两项发明专利，这些自拟方广泛应用于临床，都取得了很好的治疗效果。