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一百多年来，针对中医始终存在着“科学”与“伪科学”的争论，这不仅是一种学术争论，更是一种医学社会文化属性的体现。确切的说，是东西文化交流发展的产物，是一种哲学思辩方式的论争，是一场宏观与微观、实践论与实验论、生理学与解剖学、内因论与外因论的论争，是两种思维方式、两种文化形态的论争。中医的历史性、实践性、抽象性和基本原理的缺乏与西医的实用性、实验性、直观性之间的对立是论争存在的主要原因，论争根源是自然性选择和干预性选择两个不同的核心立足点之间的斗争，这充分反映了中西医学理论存在着社会文化属性的差异。
1 中医学理论是中国古代劳动人民医学实践的科学总结
“中医”的“中”字可以理解为“中和调和”、“中生万物”、“中为分合”的“中”，是一种变量平衡的系统规律，是否定之否定的辩证关系，是对立统一的哲学思想体现。中医理论是普遍联系、系统发展的医学科学，中医学理论把健康的理念和理疗的方法，系统地融入人们的衣食住行和整个自然界中，是古代劳动人民伟大的科学创举，是对人类发展的巨大贡献，是中国古代劳动人民医学实践的科学总结。
西医的“西”是指学术产生的相对地理位置。现代西医在十六世纪文艺复兴以后，脱离了传统古希腊医学方向，走上了和自己源头截然不同的道路，将自己的发展建立在了解剖和实验的基础上。由于现代科技手段的广泛应用，西医学仅仅经过二三百年的发展历史，就取得了巨大的成果，表现出巨大的影响力，这是现代科技发展的必然结果，也是尊重自然科学试验的严肃性的具体体现。
中医学经过了几千年的存在和发展历程，是世界传统医学理论的突出代表。被尊为现代西医学基础的古希腊医学与中国医学观点非常相近。古希腊医学“是一种整体医学，强调心与身、人体与自然的相互联系；它非常重视保持健康，认为健康主要取决于生活方式、心理和情绪状态、环境、饮食、锻炼、心态平和以及意志力等因素的影响。它要求医生应当特别重视研究每个病人个体健康的特殊性和独特性。它关注的是病人而不是疾病，强调病人和医生之间的主动合作”，古希腊医学观点认为“机体的各个部分是相互联系的，疾病是由机体内部的紊乱引起的，而不是由病原体微生物入侵引起的”，“人身体中充满了各种液体，这些液体的平衡是机体赖以生存的基本条件，它们的平衡与否反映在气色、气质和性情上”。其它传统医学理论同中医学理论也存在许多相似之处。因此，可以把中国医学、蒙医学、藏医学、印度医学、韩医学、汉方医、顺势疗法、芳香疗法、欧洲草药医学、古希腊医学等普遍联系的基本医学观点相近或相同的传统医学理论，统一归入“传统医学理论”的一个理论体系中，进行系统保护和研究。传统医学理论和方法具有广泛的实践性，始终在世界上得到了不同程度的传承和使用，为维护人类的健康发挥了巨大作用，决不会“成为一种落后的生产力而退出历史舞台”。
2 认知方式、方法的差异造成中西医理论的差异和“科学性”的论争
2．1思维方式
中医学用“总一分一总”普遍联系的逻辑思维方式去认识病理，即：把器官放到生命体中去认识、把人放到自然界和社会中去认识，以点连面，趋向于“无限大”，联系越多越广越好。西医是用“分一总一分”的分类直观方式去认识病理，即：把人从自然界和社会中拿出来，把病区从生物体中分出来，趋向于“无限小”，解剖的越细越好。因此中医成论遵循着普遍性规律，是生理学、气象学、地理学、物理学、化学、哲学、心理学、生物学部分组成的一种系统融合。而西医学遵循了特殊性规律，是影像学、分子学、细胞学、解剖学、分析化学的产物。中医学研究病理的变化规律，在规律中寻求解决方式，允许医师提出不同的理解，丰富和发展医学内容。西医学研究病理的表现形式，在形式上消除病象，按规办事，追求精确，不允许医师有半点背离。两种对待事物的文化传统方式，决定了两种解决问题方法的差异和争论的出现。
2．2解决方法
从社会科学的系统角度看中西医理论。中医理论更像是一种哲学理论形式的医学学说，因而显的宏观和抽象。西医理论更像是一种对解决问题方法的注解，因而显的直观且具体。中医理论针对系统，服务于共性，西医理论针对局部，解决了特殊问题。在两种理论指导下，中医讲“平治于权衡”，遵循了自然性选择治疗的医学方法，通过提高机体系统的综合能力抵抗病源，当系统综合能力不足以抵抗外力时，生命消失。西医通过消除机体某一方面的病变保护系统，体现了干预性选择的治疗原则，当外力不能解除病变部分时，西医的做法是“丢卒保帅”，维护主体的生命安全。站在社会科学研究的高度上讲，任何抛弃系统只看方法或抛弃方法只看系统的观点都存在局限性。“系统论下的方法”和“方法论下的系统”之争，促使中西医之间关于科学性的论争出现了长期存在格局。
2．3社会科学基础
中国的中医理论是系统发展的医学科学理论，更像一套哲学、精神、医略方法的文化集合，体现了古代朴素的理想主义精神，它不仅是自然科学技术和社会科学内容的传承，更具有对医学研究发展方向的反作用力，从而削弱了在微观领域的技术进步。一方面，在没有出现显微技术、光电磁技术、化学分析、合成技术、抗生素技术、物理提取技术和解剖学、细胞学等现代科技的前提下，古代医学家用系统理疗方式促进人体的生命和健康，是最科学有效的方法和途径。另一方面由于受当时认识水平和社会哲学因素的影响，中医科学理论往往夹杂着一些哲学辩证形式，从而为其科学内涵蒙上一层神秘的面纱，造成后人认知上的误区。中医的“黑箱”认知方式、方法造成了社会科学的模糊性，同西医学所追求的客观精准效果必然产生对立。
2．4医学价值观念
中医学追求治疗的系统性和长效性，讲究内外兼固，经过“苦其心志，劳其筋骨，饿其体肤，空乏其身，行拂乱其所为”，要“动心忍性”，而后“增益其所不能”，讲究自身的强大是战胜邪恶的根本，“本固则神安”。西医学注重治疗的针对性和时效性，认为人的存在更重要，解决问题的关键是抓住问题的核心，标准是“减轻痛苦”和获得“成就感”，认为方法和手段是至关重要的，“器利则必胜”。可以说，作为社会基础的价值观念对中西医理论指导思想差异的形成具有很大影响。
可以肯定，受东西方文化传统、思维方式、解决方法、社会科学基础、价值观念等方面多种社会文化因素的影响，中医学理论与西医学理论之间存在差异，对于西方社会对中医科学性的质疑，应当用现时的中医医学成果给以严正驳斥。
3知识的系统性是打开中医理论宝库的金钥匙
很多西医专家认为中医理论虚无缥缈，不着边际，无法验证，是伪科学。一位网友在网上发帖说“中医是脓包”。有学者讲，“中医的核心理论是荒唐的，纯粹是伪科学。”这是一种片面的观点。
事实上，中医理论用宏观的、系统的、普遍联系的形式反映了人类的生理变化和生命现象。由于中医理论经典《内经》、《难经》、《伤寒论》、《本草经》中包含了很多传统哲学思想、道德观、朴素的自然科学和社会科学内容，书中使用古代汉语，又多和古代宗教、儒学、道家、佛学等术语相互交融，为自己披上一层“神秘的外衣”，与现行的语言习惯和事物称谓存在较大差异。历史原因和社会形态造成了中医理论研究的巨大隔阂，把“自然的原理”人为的复杂化。“易经”“藏象”“四书五经”中，揭示了很多事物的发展规律和社会意识形态，被世界学者公认为学术经典。因此，要研究中国中医著作，需具备渊博的国学、哲学、社会科学、自然科学知识和丰富的临床经验，在此基础上再去研究中医著作，才有可能深入进去，读懂并领悟其中的原理和方略，才有可能真正明白中医学说的内涵和实质。“日读《内经》，反复多遍，每读每有新意，多有不同，最后‘一头雾水’。查字辞，询国学师，复又明。古代文言，晦涩难懂，将直观的科学用抽象的语言表达，是统治阶级文化统治的一种体现，也是哲学统治的一种形式，限制了知识传播。知识就像加了密的电码，要翻译‘嘀嘀嗒、嗒嘀嗒’，只有向‘师傅’要电码本。过去读不懂，说明自己在知识系统性方面存在不足”。这是我的一则读《经》感悟日记。