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在治疗细菌感染症上，抗生素可发挥极大的作用。但是必须注意的是，长期服用抗生素，会使肠内细菌丛发生异常。
以往在肠内占优势的细菌将失去踪影，在人体健康时处于劣势或几乎检验不出来的细菌，会异常增加。这是形成各种疾病的原因，称之为“细菌替换症”。
在人体健康时，有些细菌的繁殖会受到优势菌的抑制。可是，当优势菌遭到抗生素的排除后，肠内细菌就会以不怕抗生素的细菌为中心，形成肠内细菌丛新的平衡。
如果成为中心的细菌是病原菌，就会引起腹泻;另外，若是侵入血液、脑部、肝脏、肾脏、肺部等地方，有时也会引发败血症、脑肿瘤、肝脓肿、肾脓肿、肺脓肿等。
不过，根据某项报告指出，在服用抗生素时，如大量服用双歧杆菌制剂，或大豆低聚糖，就可防止因抗生素而引起的“细菌替换症”。