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2005年12月上旬，中国科学技术信息研究所公布了《2004年度中国科技论文统计结果》。统计数据显示，2004年度院校共在《科学引文索引》（SCI）收录期刊发表论文364篇，略高于2003年度的363篇，但论文平均影响因子则由2003年的2.578,上升到3.063，提高了18.81%；SCI论文被引用609次，比2003年度的584次增长了4.3%。
在“我国发表的国际高影响论文及作者情况（1995~2005年9月）”统计表中，阜外医院刘力生教授于1998年在《JOURNAL OF HYPERTENSION》发表的论文以被引191次，荣居“临床医学”学科榜首。
在《2004年度中国科技论文统计结果》中，首次增加了“《医学索引》* 收录论文统计分析”。在“《医学索引》）收录论文数—研究机构前20位排名”榜上，药物所、基础所和肿瘤所分别以95篇、88篇和81篇占居第3、4、5名，血研所以61篇排在11位（中科院的上海生命科学研究所和生态环境研究中心分别以297篇和129篇排列第1、2名）。同时，协和医院和阜外医院分别以181篇和67篇，位于“医疗机构前20位排名”榜的第3和第19名（上海第二医科大学上海第九人民医院和四川大学华西医院分别以348篇和230篇占居1、2名）。
上述统计数据显示，院校科研人员在保证论文数量的同时，更加注重了论文质量的提高，也充分体现了院校科研人员创新务实的学术精神和勤奋努力的工作态度；这也从一个侧面反映出我院科技论文国际影响力有了明显提高。
院校各单位在发表SCI论文数量的排名上，基础所以总数70篇从去年的第2名移居榜首；血研所异军突起，以68篇的总数，历史性地跃升为第2名，并且在“2004年度科学技术会议录索引（ISTP）收录论文数排名”榜上，以23篇的总数在中科院系统林立的前20名中为院校争得一席之地；连续三年保持榜首的药物所以1篇之差排在血研所之后屈居第3位。各所院发表SCI论文数见下表。
附表：
2004年度院校各所院在SCI收录期刊上发表论文统计
单位名称 发表论文数（篇） 单位名称 发表论文数（篇）
基础所 70 药植所 10
血研所 68 整形医院 5
药物所 67 皮研所 5
阜外医院 52 微循环所 4
协和医院 42 生物所 4
肿瘤医院 25 放射所 1
生技所 11
发表论文数合计 364篇
*：《医学索引》（MEDLINE；INDEX MEDICUS），创刊于1897年，由美国国立医学图书馆编辑出版，收录世界70多个国家和地区，40余种文字的4800种生物医学及相关学科期刊（部分为SCI源期刊，我国目前有75种期刊被收录），是当今世界较权威的生物医学文献检索系统。该系统有较为严格的选刊程序和标准，收录文献反映了全球生物医学领域较高水平的研究成果。
**：《科学技术会议录索引》（ISTP）汇集了自然科学、医学、农业科学和工程技术领域每年全世界出版的会议文献的80%~90%。会议论文是科研成果产出除期刊论文以外的一个重要补充，也在一定程度上反映科学前沿和最新研究动向。