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2009年12月28日上午，我校考察团访问北京中医药大学，并签署两校友好合作协议书，达成进一步密切关系、加强合作、优势互补、资源共享、相互支持、共同进步的合作意愿。北京中医药大学吴建伟书记主持了签字仪式。北京中医药大学高思华校长和我校吴勉华校长分别代表双方签字。出席仪式的双方领导还有：北京中医药大学乔旺忠副校长、王庆国副校长、工会魏天卯主席、纪委常江书记、谷晓红副书记、徐孝副校长、乔延江副校长及主要职能部门、附属医院领导；我校黄成惠书记、蔡宝昌副校长、段金廒副校长、黄桂成副校长及有关职能部门、学院和附属医院领导。
仪式在热烈而友好的氛围中进行。北京中医药大学吴建伟书记首先致欢迎词，并请高思华校长介绍了北中医历史和近年来的发展情况；吴勉华校长在介绍我校发展概况后，邀请与会领导共同观看了《南京中医药大学宣传片》；签字仪式结束后，两校领导还分别进行了一对一的工作交流，加深了相互了解和友谊。
黄成惠书记在签字仪式上作重要讲话。他指出，我校和北京中医药大学有着深厚的历史渊源，共同见证了新中国高等中医药教育发展的伟大历程，都是现代中医药高等教育模式的重要开拓者和推广者。他认为，友好合作协议的签署，标志着两校关系进入了更加密切的历史新阶段，意义重大，影响非凡。他表示，北京中医药大学是全国中医药高等教育的首要阵地，在学科建设等多个领域值得我校及其他兄弟院校学习。协议的达成，将有利于我校更加主动地接受北中医辐射和引领，借鉴先进经验并促进自身发展；有利于进一步抢抓历史机遇，推动两校全方位合作，取长补短，共同进步；有利于共同应对各种挑战，继承和创新中医药学术，为全国中医药高等教育的科学发展作出新的贡献。他还向与会领导深入介绍了我校的发展状况和中长期工作思路，并诚恳邀请北京中医药大学领导明年来我校访问。
根据协议，两校在学科与学位点合作建设上，在学科带头人、学科骨干和专家、导师互聘上，在专业建设、课程建设、教材建设、实验室建设交流、合作上，在科技平台互相开放、科技资源共享、科研项目联合申报、科技协作攻关、高层次学术论坛联办上，在相互优先引进对方博士毕业生、硕士毕业生以及选派优秀青年骨干教师到对方攻读学位或进行业务培训、进修、访学上，将有更加全面和深入的交流与合作。两校还将定期组织交流学校管理体制机制改革的思路和经验，并根据工作需要，选派管理干部到对方进行工作访问或挂职锻炼。两校领导班子也将每年举行互访会晤，检查落实协议执行情况。
当天，我校考察团还专程参观访问了中国中医科学院，并亲切会见了部分杰出校友。