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2011年7月23日下午4点半，江苏省人民政府与国家中医药管理局共建南京中医药大学签字仪式在南京紫金山庄紫金厅隆重举行。江苏省省长李学勇,卫生部副部长、国家中医药管理局局长王国强出席了仪式，代表省局双方签署共建协议并发表重要讲话。签字仪式由江苏省副省长曹卫星主持。
本次共建是教育部启动实施全国高等教育综合改革试点以来第一个省部（局）共建高校项目，南京中医药大学是江苏省2011年首家省部（局）共建签约高校，这也是新形势下地方政府与国家行业主管部门携手建设具有行业特色优势的高水平大学的开创性探索和实践。根据协议，省局双方将以推进教育改革为切入点，把南京中医药大学列为江苏高等教育综合改革试点高校和全国中医药教育改革试点院校，以国家级水平建设作为共建标准，通过政策、项目、资金支持，从推进教育体制改革、加强重点学科建设、提高人才培养质量、提高科技创新水平、增强服务社会能力、拓展国际交流合作等几方面着手，共同把南京中医药大学建设成为培养高素质、创新型中医药人才的重要阵地，解决中医药发展重大问题的重要基地，推动中医药研究成果转化为现实生产力的重要力量，促进中医药国际交流与合作的重要平台。
江苏省省长李学勇对国家中医药管理局给予江苏中医药事业发展的大力支持表示感谢。他说，南京中医药大学建校50多年来，培养了数以万计的高素质专门人才，取得了丰硕的高水平科研成果，涌现出一批蜚声海内外的院士、国医大师及中医药著名 专家。国家中医药管理局十分关心南京中医药大学的建设发展，这次又与我省签署共建协议，充分体现了对中医药高等教育事业的重视和对南京中医药大学的厚爱。李省长指出，当前我省正处于全面实现小康并向基本实现现代化迈进的关键时期，加快转变发展方式，建设美好江苏，科技是关键，人才是核心，教育是基础。高等教育作为科技第一生产力和人才第一资源的重要结合点，肩负着引领经济社会发展的重要使命。南京中医药大学是江苏高校中的骨干力量，特色鲜明，行业优势明显，在实施创新驱动战略、促进经济社会发展方面具有独特的优势和作用。此次江苏省政府与国家中医药管理局共建南京中医药大学，正是在这样的背景下应运而生。江苏省人民政府将在政策、项目、经费等方面对南京中医药大学予以重点支持，为推进学科建设、人才培养和医教研结合创造更好的条件，促进学校进一步增强为中医药事业和经济社会发展服务的综合实力。他特别强调，南京中医药大学一要大力提升人才培养水平，成为培养高素质创新型人才的重要阵地；二要大力增强科学研究能力，成为解决中医药发展重大问题的重要基地；三要大力服务经济社会发展，成为推动中医药成果转化为现实生产力的重要力量；四要大力推进文化传承创新，成为促进中医药文化研究与传播的重要平台。李省长最后表示，希望南京中医药大学以省局共建为新的起点，坚持走内涵式发展道路，加快推进继承创新，全面提高教育质量，为中医药发展和江苏“两个率先”提供强有力的人才保证和智力支撑。
卫生部副部长、国家中医药管理局局长王国强在讲话中指出，具有深厚历史文化传承的中医药学，是我国医药卫生事业的重要组成部分，在保障人民健康、促进经济社会协调发展中发挥着不可替代的重要作用。江苏省人民政府和国家中医药管理局签署共建南京中医药大学协议，是新形势下地方政府与国家行业主管部门携手建设具有行业特色优势的高水平大学的重要实践，标志着双方在推进中医药发展方面的合作进入了一个新阶段，标志着南京中医药大学改革发展进入了一个新时期。江苏省将南京中医药大学作为高等教育综合改革试点高校，并将中医学、中药学、中西医结合学科列入江苏高校优势学科建设工程，彰显了省委省政府的远见卓识和务实精神。王部长强调，南京中医药大学一定要继续大力推进教育教学改革，积极探索符合中医药人才成长规律的现代大学制度；要以学科建设为龙头，以江苏省优势学科建设工程的启动为契机，全面提升内涵建设水平；要加强办学模式的改革与创新，加强实践探索和经验总结，在以自身的特色和优势服务地方经济社会发展形成模式和机制。总而言之，就是希望南京中医药大学认真按照省局共建意见的目标任务，在中医药人才培养、科学研究、社会服务、文化传承创新、国际交流、政策研究等领域加快建设步伐，早出、多出可供行业示范推广的经验与人才，以中医药教育的优异成绩向党和人民汇报。王部长代表中管局表示，将协同江苏省政府，将南京中医药大学列为重点支持高校，在政策、项目、经费等方面给予扶持，指导和支持学校组织实施共建项目，共同促进南京中医药大学建成高水平、有特色的一流大学。
南京中医药大学吴勉华校长代表学校向双方致谢，他表示，省局共建南京中医药大学是学校发展史上一件具有里程碑意义的盛事，吴校长承诺，学校将以此为契机，认真按照省局共建协议的目标任务，在江苏省人民政府和国家中医药管理局的领导下，积极发挥主体作用，履行主体职责，认真落实完成各项共建任务，全体南京中医药大学师生医护员工，必将不辱使命，努力将南京中医药大学建设成为“国内一流、国际著名”的研究教学型中医药大学，跻身于全国具有行业特色的高水平大学行列，更好地为中医药事业和江苏经济社会发展作出更大的贡献！