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细胞的不同蛋白分子之间会通过不同的相互作用形成复杂的调控网络。近年来，细胞内不同RNA分子之间的关系受到了越来越多的重视。过去的研究表明长的反义转录本会影响基因的转录与翻译，但是长反义转录本在细胞的转录本中很少，相反，编码蛋白的RNA间短片段互补非常丰富。microRNA及siRNA仅约22 nt长，却能通过与目标片段的互补起到重要调控基因转录和翻译的作用，那么编码蛋白的RNA间是否存在通过短片段互补而相互作用的可能性呢？
上海交大医学院/健康科学研究所分子遗传学实验室博士生王萍等，在孔祥银研究员的指导下，与巴斯大学Hurst教授合作，通过在人的24，968个编码蛋白的mRNA中寻找15-25 bp的互补区，发现与一系列随机序列的比较mRNA中明显富集短的配对；对区非随机分布，集于mRNA 5＇非翻译区；且，配对区的单核苷酸多态性密度低于旁侧区。这些结果表明mNA间互补短片段经历了进化选择。更重要的是配对数多的mRNA的表达值较低；组织特异表达的基因中的配对显著多于管家基因中的配对。通过与已有的小RNA的数据的比较，并没有发现mRNA间的短配对与已发现的小RNA有关， 提示其影响基因表达的作用并非通过产生小RNA实现。
本工作提示mRNA间很有可能通过短片段的配对相互作用，形成基因间相互影响的网络，是RNA间的一种新的相互作用机制。这一研究结果发表在2008年的《基因组生物学》（Genome Biology）杂志上，并得到了国家科技部、国家自然科学基金委和中科院项目的大力支持。