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通过基因组测序预测膜蛋白的三维结构

来源:生物谷
摘要:膜蛋白的存在使细胞与胞外环境或细胞与细胞之间的“交流”得以实现。超过25%的人类蛋白拥有完整的膜结构域,这些蛋白中许多在医学上非常重要,因为几乎一半的药物靶点都包含一个膜结构域。通过膜蛋白的三维结构可以描述它的分子机制和加速以它为靶点的药物分子的研发。尽管解析蛋白结构的方法有了很大进步,但大部分膜蛋......

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膜蛋白的存在使细胞与胞外环境或细胞与细胞之间的“交流”得以实现。超过25%的人类蛋白拥有完整的膜结构域,这些蛋白中许多在医学上非常重要,因为几乎一半的药物靶点都包含一个膜结构域。通过膜蛋白的三维结构可以描述它的分子机制和加速以它为靶点的药物分子的研发。

尽管解析蛋白结构的方法有了很大进步,但大部分膜蛋白的三维结构还是未知的。有效而精确的预测膜蛋白三维结构的计算方法将是现存实验方法的重要补充。

5月10日, Cell在线发表了哈佛医学院等多家科研机构的一篇题为《Three-Dimensional Structures of Membrane Proteins from Genomic Sequencing》的研究文章,作者指出随着大规模测序技术的快速发展,通过最大熵法,更精确、更全面的来自遗传变异的演化限制的蛋白结构信息将被解译,大大拓宽了用于建模的转膜蛋白的目录表。

作者通过最大熵法仅仅通过氨基酸序列预测了过去未知的11个转膜蛋白的三维结构;还通过重新计算来自23个家族的已知转膜蛋白来测试最大熵法,证明了这种方法应用于大分子转膜蛋白的准确性;最后介绍了这种方法怎么用于预测转膜蛋白的寡聚体、功能性位点、构象改变等。

作者: 2012-5-21
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