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在试行3年后，按照计划，今年年底前《国家基本药物目录》将完成新版制定。卫生部部长陈竺透露，包括世界卫生组织推荐的400种左右的西药和200种中药将增补进新目录;除此之外，随着监管部门对于过去3年基本药物制度试行的总结，包括利润低导致企业生产积极性不高、收支补偿不到位导致基层医生收入低等难题也有望获得解决。
在基本药物制度实施以来，招标价格一直备受争议。在“价低者得”的招标过程中，一些药企为了在竞争惨烈的医保目录投标中占得一席之地，用超低价格中标来“占坑”，中标之后的药品，要么“按照药品成本波动”调整价格，要么就消失不见。曾参与医改政策制定的北京大学法学院教授孙东东认为，为了在医保药品市场中占有一席之地，某些药企以个别药品低价中标，再用其他高价药品将亏损补回来。
北京一家二级医院相关负责人表示，自己从不推荐患者服用价格明显低于成本价的新药。他建议，在基本药物定价过程中，在满足患者需要的同时也要满足药厂的利润需求。在各地调研过程中发现有些药企为了追求超低中标价格，药品质量无法保证，出现以次充好的情况。在现行基本药物采购制度中，最先受到伤害的就是大型药企。
在医改稳步推进的过程中，基本药物的质量应该放在被关注的首位，而不是价格。控制公立医院开大处方除了通过基本药物的集中采购和规范使用之外，还应改变目前的付费机制，比如实行按人头付费等，以此保障患者的诊疗和用药需求。
在基本药物制度实施以后，社区医院实行“零差价”售药，同时不得购进非基本药物。村卫生室的药品采购将全部纳入乡镇卫生院的采购计划。此外，社区医生也开始执行收支两条线，从基层切断了“以药养医”的链条。由于缺乏合理的绩效考核制度，社区医生收入普遍较低，社区医生的流失形成了“好医生不愿留在社区，患者就诊只能奔大医院”的尴尬局面。
为改变这种现状，从去年开始，北京的社区医生年薪从4.2万元增至7.4万元，希望留住优秀的社区医生，但收效并不显著。“小病不出社区”是医改的目标之一。业界认为，只有切实提高基层医生待遇，才能将优秀医生留在社区。