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抗菌药物引起的胃肠道不良反应是抗菌药物很常见的不良反应之一，主要表现为两个方面：对胃肠道的刺激和胃肠道的感染。如较典型的克林霉素就可引起恶心、呕吐、腹痛、腹泻等消化道反应，约有10%的用药者出现腹泻，约有1%～2%的病人出现假膜性肠炎。作为医患应对抗菌药对胃肠道的损伤有所了解，合理使用抗菌药，以减少对胃肠道的损伤。
胃肠道刺激
作为药品的组成，主要是有效的主药成分及其赋形剂，药品不良反应的发生也主要是药物本身及赋形剂引起。一般而言，赋形剂轻易不会引起不良反应，引起胃肠道反应的主要是药物本身直接对胃肠黏膜的损伤。其次为大多数在胆汁分布较多、浓度较高的抗菌药物，也可引起胃肠道的刺激症状，临床主要表现为恶心、腹部不适、胀气、呕吐和腹泻等。如红霉素在胆汁中的浓度较血药浓度高出10～40倍，其胃肠道的反应有腹泻、恶心、呕吐、腹痛、口舌疼痛、胃纳减退等，用药量越大，胃肠道反应越严重。且大环内脂类的主要不良反应就是刺激胃肠道，而患者对这类药物的胃肠道耐受性也最差。对胃肠道有刺激性的抗菌药还有甲硝唑类、四环素类、磷霉素、多肽类、氨基糖甙类、头孢类、喹诺酮类等等。四环素类的多西环素和米诺环素也可引起胃肠道不适，但在进餐后使用，胃肠道的不适率可明显减少。
胃肠道感染
抗菌药物引起的胃肠道感染症状，与药物本身关联性不大，是由于抗菌药物的抗菌作用，促使人体胃肠道中某些微生物过度生长或使另外某些微生物过度被抑制，引起菌群失调所致的胃肠道感染症状。常见的是使用广谱抗菌药物导致白色念珠菌引起的口腔感染、肛门感染、肠炎，以及菌群交替性肠炎和假膜性肠炎等。如亚胺培南/西司他丁钠滴速快时，就可引起恶心、呕吐、腹泻、腹痛等，有时也可导致患者假膜性肠炎及口腔白色念珠菌感染；抗菌谱较窄的一些药物也可引起胃肠道感染，如依托红霉素、琥乙红霉素等；阿莫西林也可诱发非梭菌属顽固性腹泻，比较典型的抗菌药物为克林霉素类。此外，还有氨苄西林、第三代头孢类等，均可引起假膜性结肠炎；而口服抗菌药多在3～5天发病，也有一些用药者在10天后发病。这种假膜性肠炎也与抗菌药相互配伍，将2种或2种以上的抗菌药物相互联用，致使联用药物的抗菌谱增宽作用增强，或长时间大量应用有关。这也是一种抗菌药物不合理应用的医院感染，临床应高度注意。
抗菌药造成胃肠道感染的临床症状较急，为每天多次大量水样腹泻，有的患者腹泻达10～30次，典型粪便可出现乳白色或棕绿色伪膜，大便含有黏液，粪便恶臭，部分可出现血样便，患者同时可伴有发热、腹痛、腹胀、恶心、呕吐等，重者迅速出现脱水、水电解质紊乱、循环衰竭、低蛋白血症、中毒性巨结肠和肠穿孔、休克等，后果严重，甚至可能导致用药者死亡，因此需要引起高度重视。用药者一定要合理应用抗菌药，尤其像克林霉素易致假膜性肠炎的药物，务必严格掌握适应证，疗程不宜过长，在用药期间或停药后的2周内出现腹泻，应把应用抗菌药导致的因素考虑在内，做相关检查以求证。因此，使用者自身需要高度重视此类不良反应，主动预防积极就医。尤其老年人群出现菌群失调的概率更高，更需特别注意。