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在出现离子空间电荷效应之前二维离子阱（2D）与3D离子阱相比具有良好的离子捕获效率和离子容量能力。在离子喷射速率上2D离子阱也要优于3D离子阱。2D离子阱在硬件设施上的优势使其在应用Shotgun策略分析复杂蛋白质样品时能显著提高蛋白质的鉴定效率。在该研究中作者对LTQ和LCQ两种仪器在数据依赖的串联质谱采集模式下获得的肽段（及其图谱）在质量上和数量上进行了比较。结果表明，由于在离子捕获效率，离子容量能力，离子喷射速度等方面的优越性能，LTQ的蛋白质鉴定数量是LCQ的5倍，而且，LTQ能鉴定到更多的低丰度蛋白，而且鉴定蛋白质的可信度也要优于LCQ.
论文以ThermoElectron 的LTQ和LCQ为例比较了2D和3D离子阱的结构差异。在LCQ中离子阱由两个端电极和一个环电极组成，电极上施加电压后形成对称双曲线电场。LTQ中离子阱由具有双曲线轮廓的四极杆构成，由其产生的 2D rf电场以及不连续DC电压将用于将离子容纳在阱中央的轴向方向。LTQ中在居中的两个杆上打开一个小口方便离子的射入和被两个检测器检测（LCQ是在端电极上由离子射入口及轴向射入，只有一个检测器）。 2D和3D离子阱在结构和功能上有许多相似，但2D有一些重要的性能。第一，在2D在离子射入的轴向上不产生RF场，克服了3D中轴向rf对离子束的影响，因此提高了从离子源捕获离子的效率，捕获效率的提高同时也缩短了离子入射时间，缩短了扫描周期。第二，2D阱的线性结构增加了阱的空间，在出现空间电荷效应前能够容纳更多的离子，这也是2D阱离子从径向射入的优势所在。离子的径向射入还方便两个检测器的检测（电子倍增器），因此检测效率可以提高2倍。最后，在保持相同的分辨率下，LTQ可提高3倍的离子射入速率。
本文用到的生物材料：E.coli提取物。仪器：LTQ；LCQ XP Max；Agilent1100 二元HPLC系统；