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制备薄层色谱使用薄层色谱板进行制备分离，从混合物中提取所需要的单体。与常用的柱色谱相比，具有简单、快速与节省溶剂与人力的优点，是实验室比较常用的制备方法之一，比较常用的是制备薄层板色谱、制备离心薄层色谱、制备干柱薄层色谱三个类别。
1、 制备薄层板色谱
制备板：一般使用200X200mm的薄层色谱板，吸附剂厚度最好为0.5~1mm，一般不超过2m，平均1mm厚需要的硅胶量为 15~20g。为了得到低成本、铺层均匀的高质量制备薄层板，建议使用上海科哲公司的TD-II型全自动制备薄层铺板机。
点样：制备薄层分离的样品量大，一般采用条带点样、不使用圆点点样；一般1mm厚的硅胶最大约100 mg，样品浓度不宜太稀，应在2~10%为宜。为了得到均匀而规则的点样结果，建议使用上海科哲公司的SP-3型电动薄层条带点样器。同时展开剂的用量比较大，点样位置要比较高
展开：薄层色谱层析缸要充分饱和，如制备板数量较多，请选用上海科哲公司的制备薄层板架；
显色：一般使用紫外灯或碘蒸汽等非破坏方式显色，或在板边缘进行化学试剂显色；
回收：将检测到的样品连同硅胶一齐刮下，防入砂芯漏斗，使用适当溶剂将组分洗脱，将洗脱溶剂蒸干即可。一般希望洗脱溶剂沸点较低，不与组分发生反应。
制备薄层板色谱优点是使用最为方便、便宜、节省人力，缺点是分离时间较长。
2、 制备离心薄层色谱
与普通制备板有三个不同点：
首先：色谱板是圆的，是径向色谱，分离能力优于方板；
其次：洗脱液的流动不靠毛细现象，靠离心力，减少了分离时间与脱尾，分离效能很高；
最后：洗脱液是连续流动的，可以非常容易的形成梯度，并且不需要刮下吸附层，这样可以使色谱板可以反复使用；
所以，制备离心薄层色谱的分离效能与分离速度要远高于制备薄层板色谱，建议采用上海公司科哲公司的KH-CTLC型制备离心薄层色谱仪。
3、制备干柱薄层色谱
可以看作棒状的薄层色谱，优点是简单易行，快速经济、制备量大。缺点是必须使用可透紫外的管材，而且在收集样品时要割断管材，使费用略高。上海科哲公司提供专用的薄层色谱柱。本方法与真空系统联用，构成减压真空色谱，性能会得到进一步提升。
这三种不同的方法在不同场合都拥有自己的优势，总的来讲，制备薄层板色谱适用于制备量较小、分离程度较好的场合；制备离心薄层色谱适用于制备量中等，分离程度较差的场合；制备干柱薄层色谱用于大量样品制备的场合。三种设备如果互相联用，分离效率会进一步提高。这三种设备也可与柱色谱联用