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一、材料
基因组DNA(大于50kb,分别来自不同的材料)。
二、设备
电泳仪及电泳槽，照相用塑料盆5只，玻璃或塑料板(比胶块略大) 4块，吸水纸若干，尼龙膜(依胶大小而定)，滤纸 ，eppendorf管(0.5ml)若干。
三、试剂：
1、限制性内切酶(BamHⅠ, EcoRⅠ, HindⅢ, XbaⅠ)及10×酶切缓冲液。
2、5×TBE电泳缓冲液：配方见第一章。
3、变性液：0.5mol/L NaOH，1.5mol/L NaCl 。
4、中和液：1mol/LTris·Cl, pH7.5/1.5mol/L NaCl 。
5、10×SSC：配方见第九章。
6、其它试剂：0.4mol/L NaOH，0.2mol/L Tris·Cl, pH7.5/2×SSC ，ddH2O，Agarose 0.8%，0.25mol/L HCl 。
四. 操作步骤
1. 基因组DNA的酶解
(1) 大片断DNA的提取详见基因组DNA提取实验,要求提取的DNA分子量大于50kb, 没有降解。
(2) 在50μl反应体系中,进行酶切反应：
5μg基因组DNA
5μl 10×酶切缓冲液
20单位（U）限制酶(任意一种)
加ddH2 O, 至50μl
(3) 轻微振荡, 离心,37℃反应过夜。
(4) 取5μl反应液,0.8％琼脂糖电泳观察酶切是否彻底，这时不应有大于30kb的明显亮带出现。
[注意] 未酶切的DNA要防止发生降解, 酶切反应一定要彻底。
2. Southern转移
（1） 酶解的DNA经0.8％琼脂糖凝胶电泳(可18V过夜)后EB染色观察。
（2） 将凝胶块浸没于0.25mol/L HCl中脱嘌呤, 10分钟。
（3） 取出胶块, 蒸馏水漂洗, 转至变性液变性45分钟。经蒸馏水漂洗后转至中和液中和30分钟。
（4） 预先将尼龙膜,滤纸浸入水中,再浸入10×SSC中,将一玻璃板架于盆中铺一层滤纸(桥)然后将胶块反转放置,盖上尼龙膜,上覆二层滤纸,再加盖吸水纸,压上半公斤重物, 以10×SSC盐溶液吸印,维持18-24小时。也可用电转移或真空转移。
（5） 取下尼龙膜, 0.4mol/L NaOH 30秒, 迅速转至0.2mol/L Tris·Cl,pH7.5/2×SSC,溶液中, 5分钟。
（6） 将膜夹于2层滤纸内, 80℃真空干燥2小时。
（7） 探针的制备和杂交见第九章分子杂交部分。
[注意] 1、步骤（2）中脱嘌呤时间不能过长。
2、除步骤（1）、（4）、（5）外, 其余均在摇床上进行操作。
3、步骤（4）中,当尼龙膜覆于胶上时, 绝对防止胶与膜之间有气泡发生, 加盖滤时也不应有气泡发生。
4、有时用一种限制性内切酶不能发现RFLP的差异，这时应该试用另一种酶。