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受命于新医改推行之初，乃是为配合医疗卫生体制改革中对流通环节的整肃。而更周全的考虑是，药品流通行业亦涉及诸多市场因素，需要一个更具宏观视野、职能更强大的部门进行全盘式规划。
在商务部接盘之后，医药流通行业终于摆脱多年管理缺位的窘境，正式拥有了自己的行业代言人。2009年8月，国务院做出了由商务部负责药品流通行业管理工作的决定，并于2010年6月由中编办发文明确商务部正式接管药品流通行业。
显然，商务部受命于新医改推行之初，此举乃是为配合医疗卫生体制改革中对流通环节的整肃。而更周全的考虑是，药品流通行业亦涉及诸多市场因素，需要一个更具宏观视野、职能更强大的部门进行全盘式规划。
履新之后，商务部针对药品流通行业长期以来的乱局频频出招，尝试重建一套新的行业规则。用商务部市场秩序司副司长温再兴的话来说，商务部接手流通之后的主要职能是负责研究拟定药品流通行业发展规划、政策和相关标准，推进药品流通行业结构调整，指导药品流通企业改革，推动现代药品流通方式的发展。
2011年是“十二五”开局之年，商务部已经会同相关部委、行业协会和业内专家制定药品流通行业“十二五”发展规划纲要和相关标准，以此来解决流通行业长期存在的结构性难题。随着“十二五”的来临，整个药品流通行业将进入一个全新的“竞合时代”。
明确管理思路
商务部接手后，对药品流通法律体系和监管体制沿革、医药卫生体制改革背景等情况进行了认真研究，并与相关部门进行了工作衔接。
接着，商务部陆续展开相关工作：会同有关部门制定了《建立国家基本药物制度对我国医药流通行业可能造成的影响及相关预案》；参加国家医改领导小组的各项工作，在新医改相关文件制定过程中，听取药品流通行业组织和企业的意见，参与文件政策的制定；召开全国药品流通行业管理工作会议，对今年和今后一段时间的药品流通行业管理工作做出了全面部署；积极反映药品流通企业的呼声和要求。
之后，商务部又下发了《关于做好2010年药品流通行业管理工作的通知》，着手建立自上而下的工作体系。为使各级商务主管部门尽快履行好新职能，商务部举办了药品流通行业管理培训班，对全国地市级以上商务主管部门负责此项工作的人员进行培训，并要求由省级商务主管部门对县级以下商务主管部门开展培训。
商务部市场秩序司司长向欣认为，推动药品流通行业改革发展应当坚持以下基本原则：一是政府引导，充分发挥市场机制的基础性作用；二是完善法制，规范企业经营行为；三是科技引领，提高药品供应保障能力；四是统筹城乡，保证边远地区的药品供应；五是改革创新，改善药品流通行业发展的外部环境。
对于推动药品流通行业改革发展的今后的工作，向欣指出，必须以中央医改政策、方针和目标为指导，以逐步完善符合国情的现代药品流通体系为目标，以“优化结构、调控总量、统筹城乡、规范秩序”为着力点，以推动行业结构调整，加快发展现代医药物流和连锁经营为手段，逐步提高企业信息化水平和流通效率，指导药品流通企业改革，提升企业的质量安全水平、供应保障能力和信用水平，满足医疗卫生事业改革发展的要求，确保老百姓吃上放心药、方便药。
力促行业集中度提高
种种迹象表明，在商务部整治中国药品流通行业的思路中，促进行业结构调整、提高行业集中度是重头戏。
中国药品批发企业数量过多，行业集中度仍然较低。中国药品批发企业数量远远高于世界平均水平，销售额超过5000万元的企业只有491家，约占全国药品批发企业总数的3.7%；超过1.2万家各类小型商业公司瓜分不足15%的市场份额。
由于缺乏规划，一些地方批发企业数量过多，各省市少则数百家，多则一千多家。同时，市场分割和地方保护主义，阻碍了国内统一大市场的形成，限制了公平竞争，制约了药品批发配送业务的适度集中和高效，难以形成国际竞争实力。
对上述情况，商务部将出台措施来引导药品批发企业兼并重组，培育一批年销售额过百亿的区域性大型医药企业，形成2～3家年销售额过千亿的全国性大型医药商业集团。向欣强调，商务部将鼓励和支持全国性和区域性的优势药品流通企业通过收购、兼并、联合、参股、控股等方式，利用产业基金、融资担保、信用保险、上市融资和利用外资等经济手段，拓展流通网络覆盖面，实现规模化、集约化和国际化经营。
针对兼并重组中出现的“政府部门干预，拉郎配”、“企业跑马圈地、盲目扩张”的现象，温再兴指出，要发挥好市场机制在配置药品流通资源中的基础性作用，实现药品流通企业的优胜劣汰，逐步提高行业集中度和流通效率，切忌用行政命令、行政干预的办法或“一刀切”。“企业是行业结构调整的主体，要充分发挥企业的主观能动性和改革的积极性，积极参与兼并重组，优化结构，在激烈的市场竞争中做大做强。”
在大型企业向千亿销售额目标进军的同时，也将推动中小企业实现转型升级。向欣表示，商务部将支持专业性或其他有特色的中小药品批发企业充分发挥其优势，做精、做细、做强。
按照商务部的规划，中小企业的未来发展方向已经明晰。商务部将鼓励探索组建企业间的战略联盟，推进医药代理、批发、配送、零售的一体化经营，并鼓励零售企业开设“专业药店”、“健康管理中心”等新型增值服务机构。
而对于无法转型并缺乏竞争力的中小批发企业，商务部将鼓励其通过自主选择逐步并入大型批发或零售企业，发挥其现有的基层药品流通网络的作用，避免重复建设，形成优势互补。
寻求打破医院终端垄断
在新医改中一直艰难前行的公立医院改革，商务部正在努力打破医院在药品销售终端的垄断地位，这一项工作也被写入商务部药品流通行业“十二五”规划。
药品销售终端市场分割，造成流通环节过多、成本过高。因历史和体制等多种原因，我国药品销售形成两种不同的市场格局：市场竞争较为充分、药价较为低廉的社会零售药店的销售只占国内药品市场的20%左右；而公立医疗机构药品销售约占全社会药品销售总额的80%，控制了绝大多数药品零售终端业务。
因管办不分和“以药养医”等体制性弊端，加上现行药品定价机制不尽合理，增加了流通环节和成本，导致部分药品价格虚高。终端市场的分割，为一些药品代理商和医药居间人进行商业贿赂提供了可乘之机，制约了药品批发市场向少环节、高效率、低成本的方向发展。
对此，商务部已计划在公立医院改革和鼓励社会力量办医疗机构的新形势下，借鉴国际经验，探索医药分业，促进医疗机构门诊药房的社会化。同时，为了打破医院终端的垄断，商务部还将推动出台允许患者凭处方到药店购药等有关规定。
此外，商务部药品流通行业“十二五”规划将提倡并推促新建基层医疗机构(乡、村卫生院、室和城市社区医疗卫生服务中心、站)不再新建药房，发挥现有零售药店在医改中的便民作用；鼓励发展药品流通中介服务，探索引入第三方药品利益管理机构，参与到药品流通的各个环节中，提供服务，协调各方关系和平衡各方利益。