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6月27日晚至29日，受国务院总理温家宝、国务院副总理吴仪的委派，卫生部部长高强、国家食品药品监督管理局局长邵明立率有关人员和专家一行17人，专程前往安徽省检查指导泗县甲肝疫苗接种情况，先后察看了泗县人民医院、中医院、大庄镇卫生院和大庄镇回庄小学，探望了住院儿童和学生家长，慰问了医护人员，详细了解接种疫苗学生上学情况，听取了安徽省各有关方面和国家、省驻点专家的情况汇报，并在宿州举行了与媒体记者见面会，全面介绍调查经过和初步结论，回答了记者的提问。省委书记郭金龙，省委常委、省委秘书长张学平，副省长黄海嵩、何闽旭在合肥会见了高强、邵明立一行，副省长田唯谦全程陪同调查。
在泗县人民医院、中医院、大庄镇卫生院和大庄镇回庄小学等地，高强转达了党中央、国务院对所有住院儿童和他们家长的关心和问候，并对安徽省委、省政府的高度重视和市、县及有关方面采取各种措施，做了大量工作给予充分肯定。他指出，经过多方调研以及专家分析认定，此次事件是由基层防疫所违规操作，擅自进行集体疫苗接种引起的群体性反应，同时，在疫苗购销和流通环节中也存在一些违规行为。他介绍，泗县卫生部门已经组织对接种儿童全部进行了身体检查，目前，在4所医院观察收治259人。政府对住院儿童实行免费治疗、免费住院。目前的住院病人中有明显临床症状的有11人，他们大多都同时有其他偶合性疾病，在住院观察儿童中，有半数以上的孩子没有任何临床症状和异常指标。在28日召开的专家分析会上，大多数专家认为这是一起因为集体接种引发的群体性心因性反应，但最终结论还要等到疫苗鉴定结果而定。
高强要求，对有明显症状的儿童要全力进行救治，在当前炎热天气条件下，要注意防止交叉感染，导致其他疾病的发生；要加强健康教育，使孩子以及家长知晓有关健康知识，动员那些没有症状的孩子回家休息，医生可以定期到村里去回访、巡诊，并继续关注这些学生的健康；要进一步做好群众思想工作，化解矛盾，确保社会稳定；要继续深入调查，搞清事实，依法依规查处；要认真总结教训，深刻进行反思，改进今后工作。
邵明立要求，一是有关单位要尽快进行疫苗鉴定，协助查明原因。二是各级药监部门要会同有关部门抓紧查处违规销售疫苗的有关单位和人员。三是依法办事，严格加强疫苗生产及流通的管理。
郭金龙在会见时，对党中央、国务院的关心以及对高部长、邵局长一行的亲临指导表示衷心的感谢。他说，我们一要继续高度重视，认真负责，科学救治；二要根据调查组和专家组的意见，心平气和地向广大学生和家长讲清道理，科学宣传有关知识，使群众相信科学，消除恐慌，开导思想，维护稳定，同时与新闻媒体沟通，客观公正报道；三要依法依规抓捕逃犯，查清事实，对整个接种过程中的一切违法乱纪行为给予严肃查处，决不姑息，并表示结合先进性教育活动，切实把作风搞好、搞实，努力做好各方面工作，让党中央、国务院放心，让广大人民群众满意！